lpnet:通过线性编程构造基于树的环形网络

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文件名称：lpnet:通过线性编程构造基于树的环形网络
文件大小：70KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-19 14:46:38
R 局域网 包裹 通过线性编程从距离矩阵构造圆形拆分网络的AR软件包。 lpnet软件包中的功能是 lpnet read.nexus.distanceblock read.nexus.taxablock 主要功能是lpnet 。 lpnet构造一个规划器网络，该规划器对距离矩阵进行循环排序，并为 [1]编写一个关系文件。首先使用不同的树构造方法（ neighbot-joining [4]，对称和非对称neighbornet tree ， UNJ [3]， BioNJ [2]） BioNJ距离neighbornet tree 。 UNJ使用线性规划（lp）更改圆订购。然后使用非负最小二乘法（nnls）计算由lp net排序组成的分割的权重。最后，返回LSfit，它是图中成对距离和矩阵成对距离之间最小二乘的平方。并编写一个带有分类单元块和splits块的nexus文件，以供查看循环网络。 函数

【文件预览】：
lpnet-main
----man()
--------lpnet.Rd(3KB)
--------read.nexus.distanceblock.Rd(654B)
--------read.nexus.taxablock.Rd(582B)
----NAMESPACE(255B)
----lpnet.Rproj(356B)
----.Rbuildignore(28B)
----examples()
--------mammals.nex(170KB)
--------primates-mtDNA.nex(26KB)
--------algae.nex(18KB)
----.gitignore(40B)
----R()
--------lpnet.R(42KB)
--------read.nexus.R(2KB)
----DESCRIPTION(749B)
----README.md(6KB)