flowsaber:基于数据流的工作流框架

时间:2024-04-20 09:02:39
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文件名称:flowsaber:基于数据流的工作流框架

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更新时间:2024-04-20 09:02:39

workflow snakemake nextflow dataflow workflow-framework

基于数据流的工作流框架。 工作正在进行中 特征 类似数据流的任务组成语法,其语法来自的DSL2。 基于Python:随时导入/编写/修改Task / Flow对象。 本地缓存。 基于ray的群集支持。 Conda和Container执行环境。 例子 这是的重写版本 from flowsaber import * # EnvTask is the real dependent task when using conda/image option EnvTask . DEFAULT_CONFIG = { 'workdir' : '/tmp/Env' } # make the EnvTask cache at a global place @ shell ( conda = "bwa=0.7.17 samtools=1.9" ) def bwa ( self , fa : File ,


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