文件名称：StampedeBLAST:在本地文件系统上运行 BLAST
文件大小：6KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-04 03:14:40
Perl
踩踏爆炸 在本地文件系统上运行 BLAST：XSEDE-Stampede 使用此方法在 Stampede 的本地文件系统上运行BLAST 。 这种方法要求输入需要拆分成几个文件。 文件数将是作业所需的节点数。 这意味着如果将输入文件拆分为 20 个文件，则作业将需要 20 个节点。 由于让所有节点都访问文件系统会产生非常高的 IO 负载，因此需要将数据库移动到每个节点的本地磁盘。 这里还需要记住，数据库所在的并行文件系统中的文件夹至少需要有 60 个条带（请参阅上一节）。 假设我们要使用 10 个节点（10 个节点，每个节点 16 个核心，等于 160 个核心）。 首先，将输入文件拆分为所需的拆分次数： fasta-splitter.pl --n-parts 10 --measure count input.fasta 现在，有 10 个文件名： input.0 , input.1
【文件预览】：
StampedeBLAST-master
----fasta-splitter.pl(11KB)
----task.sh(685B)
----batch_script(1KB)
----README.md(2KB)