【文件属性】：
文件名称：MDV_proj：MDV项目中使用的脚本
文件大小：236KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-05 18:19:14
perl indels snvs marek-disease PerlPerl
MDV项目
MDV项目中使用的脚本。
这些脚本大多数仅用于生成命令，我们将这些命令重定向到文件，然后将该文件提交（qsub）到我们的计算机集群。
:copyright:TUM Frishman Lab许宏恩
必备文件
Galgal5参考基因组
我们使用了鸡参考基因组Galgal5。 基因组序列是从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_other/Gallus_gallus/latest_assembly_versions/GCF_000002315.4_Gallus_gallus-5.0/下载的。 有关详细信息，请参见 。
dbSNP_liftove
【文件预览】：
MDV_proj-master
----RNAseq()
--------config.txt(5KB)
--------submit.pl(772B)
--------README.md(1KB)
--------rnaseq.pl(11KB)
----driver_genes()
--------run_muffinn.sh(547B)
--------run_oncodriveclust.pl(2KB)
--------prepare_data_4_muffinn.pl(4KB)
--------merge_maf_files.sh(396B)
--------README.md(1KB)
--------run_music.pl(6KB)
----others()
--------clear_files_4_sample.pl(718B)
--------alec.sh(14KB)
--------add_readgroup.pl(4KB)
--------snv_indel_pipeline.jpg(186KB)
--------README.md(36B)
--------check_fastq2bam.pl(558B)
----fastq2bam()
--------fastq2bam.pl(10KB)
--------config.txt(27KB)
--------submit.pl(2KB)
--------README.md(592B)
----somatic_snv_indel()
--------run_smufin.pl(2KB)
--------run_mutect2.pl(2KB)
--------somaticseq4training.pl(10KB)
--------run_lofreq.pl(2KB)
--------run_mutect.pl(2KB)
--------run_somaticsniper.pl(3KB)
--------run_muse.pl(2KB)
--------run_indelocator.pl(2KB)
--------vardict_fpfilter.py(3KB)
--------indelocator_fpfilter.py(3KB)
--------create_bed_files_4_vardict.pl(306B)
--------run_varscan2.pl(5KB)
--------run_jointsnvmix2.pl(3KB)
--------vcf2bed.pl(986B)
--------somaticseq4prediction.pl(12KB)
--------README.md(7KB)
--------run_vardict.pl(2KB)
----statistics()
--------README.md(111B)
--------depth.pl(2KB)
----make_galgal5_reference.pl(2KB)
----mutation_signature()
--------somaticsignatures.R(3KB)
--------prepare4somaticsignatures.pl(962B)
--------README.md(486B)
----nc_vs_chrs.txt(533B)
----.gitignore(191B)
----build_vep.sh(449B)
----README.md(3KB)
----build_snpEff.pl(2KB)
----somatic_scna()
--------get_mappability_of_galgal5.sh(587B)
--------create_files_for_FREEC.sh(3KB)
--------joinlrr_baf.R(3KB)
--------rename_mappability.pl(841B)
--------copy_rename_microarray.pl(1KB)
--------tolrr_baf.pl(850B)
--------sum_copycat_results.pl(2KB)
--------run_control-freec.pl(4KB)
--------cmp_controlfreec_copycat.sh(1KB)
--------copycat.R(1KB)
--------run_penncnv_affy.sh(3KB)
--------microarray.csv(15KB)
--------README.md(3KB)
--------sum_freec_results.pl(1KB)
--------create_files_4_copycat.sh(888B)
--------prepare_pfb.pl(820B)
--------genoCN.R(2KB)
--------run_copycat.pl(2KB)
--------config_WGS.txt(3KB)
--------run_genoCN.sh(190B)
--------ascat.R(557B)
----somatic_sv()
--------run_breakdancer.pl(5KB)
--------sum_novobreak.pl(2KB)
--------sum_delly.pl(2KB)
--------run_novobreak.pl(2KB)
--------run_delly.pl(3KB)
--------sum_breakdancer.pl(1021B)
--------notes4break_dancer(155B)
--------cmp_3tools.pl(1KB)
--------README.md(791B)