文件名称：ddb-datastore：与DDBIO工作流工具集成的Variant Storage Service和数据库
文件大小：133KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-03 14:40:38
Python
ddbio-variantstore 与DDBIO工作流程工具集成的Variant Storage Service和数据库 安装 下载并安装DDB-Core库 git clone https://github.com/dgaston/ddb-core cd ddb-core python setup.py install pip install -r requirements.txt
【文件预览】：
ddb-datastore-master
----report.py(27KB)
----report_improved.py(29KB)
----add_data_variantstore_brca.py(14KB)
----report_direct_vcf_low_support_filtered.py(22KB)
----variantstore.py(9KB)
----create_variants_database.py(1KB)
----delete_data_coveragestore.py(2KB)
----create_logs_database.py(1KB)
----logstore.py(687B)
----utils.py(32KB)
----add_data_variantstore.py(14KB)
----do_variant_counts.py(4KB)
----sample_coverage_by_amplicon_reports_from_cassandra.py(3KB)
----pipelinestore.py(2KB)
----variant_tracking_analysis.py(5KB)
----samplestore.py(515B)
----validation_reports.py(4KB)
----DevScripts()
--------multi_sample_summary_from_vcf.py(9KB)
--------mendelian_variantstore.py(8KB)
--------mendelian_coveragestore.py(2KB)
----LICENSE(1KB)
----coverage_tracking_by_sample.py(2KB)
----variant_pos_samples_report.py(3KB)
----create_coverage_database.py(1KB)
----report_direct_vcf.py(22KB)
----create_sample_report_dual_library.py(9KB)
----add_data_coveragestore.py(5KB)
----requirements.txt(21B)
----variant_analysis.py(4KB)
----create_testing_variants_database.py(1KB)
----create_qc_database.py(1KB)
----.gitignore(738B)
----Misc_and_Old()
--------report.py(27KB)
--------report_improved.py(25KB)
--------rapid_report.py(26KB)
--------report2.py(2KB)
--------variant_reports_from_cassandra.py(3KB)
--------merkel_count_bases_by_coverage.py(2KB)
--------create_sample_coverage_reports.py(3KB)
--------create_any_evidence_sample_report.py(5KB)
--------create_any_evidence_sample_report_dual_library.py(8KB)
--------snp_report.py(27KB)
--------simple_report.py(22KB)
--------create_sample_coverage_reports_dual_library.py(4KB)
--------merkel_parse_alignment_stats.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
--------advanced_reporting.py(6KB)
--------report_test.py(27KB)
--------report_xlwt.py(20KB)
--------create_sample_report.py(8KB)
--------sample_variants_by_amplicon_reports_from_cassandra.py(4KB)
--------merkel_reporting.py(13KB)
--------sample_variant_reports_from_cassandra.py(4KB)
--------coverage_analysis.py(9KB)
--------toil_merkel_report.py(22KB)
--------add_data_variantstore_no_freebayes_pindel.py(14KB)
--------recurrent_variants_by_amplicon_reports_from_cassandra.py(5KB)
----create_excel_report.py(6KB)
----variant_pos_type_samples.py(4KB)
----delete_data_variantstore.py(2KB)
----qcstore.py(683B)
----README.md(281B)
----coverage_tracking_analysis.py(6KB)
----sample_reports_by_query_var.py(6KB)
----add_data.py(17KB)
----coveragestore.py(1KB)
----add_filtered_data_variantstore.py(14KB)