生物信息学常用shell命令.mht

【文件属性】：

文件名称：生物信息学常用shell命令.mht

文件大小：72KB

文件格式：MHT

更新时间：2015-07-17 16:26:22

生物信息学 常用 shell 命令

将匹配abc的行删除 Sed –e “/abc/d” file 多种可能性的查找 egrep 'GC(A|T|C|G)GGAATTGAACAG' http://baike.baidu.com/view/1057278.htm 批量…… ls *.tar|awk '{print "bsub tar xvf "$0}'|sh ls *.gz|awk '{print "bsub gzip -d "$0}'|sh ls *.gz|awk '{print "gzip -d "$0 " &"}'|sh Bowtie2 批量建库 ls *.fa|awk '{print "bsub -o %J.log -e %J.err -q priority /home/share3/YY/first/bowtie2/bowtie2-build "$0 " " $0}' |sh blastall 建库 跑 批量建库 formatdb -i 你的文件 -p 蛋白就用T 核酸就用F formatdb -i database.fa -p T blastall -p blastp -i your_seq.fa -d your_database.fa -e 1e-10 -a 8 -o human_chicken.balst.out -m 8 跑 ls *.fa|awk '{print "formatdb -i "$0 " -p T"}'|sh 批量kill任务 bjobs | awk '$1>=104959 && $1<=105048 {print "bkill " $1}'|sh