文件名称：GiniClust:基尼·克鲁斯特
文件大小：5.99MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 03:51:24
R
基尼·克鲁斯特 GiniClust是在Python和R中实现的一种聚类方法，用于从大规模单细胞基因表达数据中检测稀有细胞类型。 GiniClust可以应用于源自不同平台的数据集，例如多重qPCR数据，传统的单细胞RNAseq或新兴的基于UMI的单细胞RNAseq，例如inDrops和Drop-seq。 GiniClust由哈佛大学的GC元实验室和Dana-Farber癌症研究所创建和维护，并带有图形用户界面，以方便使用： 安装 请确保您的环境中装有Python 2.7。 GiniClust的图形用户界面依赖于wxPython ， wxPython是跨平台wxWidgets API的Python包装器。 有关如何安装wxPython说明，请参见相应的网站。 在Fedora Linux上，命令行界面中的以下命令正常工作： $ sudo dnf install wxPython 。 此外
【文件预览】：
GiniClust-master
----README.md(9KB)
----GiniClust.py(3KB)
----Archive()
--------DE_MAST.R(10KB)
----LICENSE(1KB)
----img()
--------GiniClust_selected_data_screenshot.png(194KB)
--------GiniClust_starting_screenshot.png(185KB)
----sample_data()
--------Data_GBM.csv.zip(4.59MB)
--------Data_qPCR.csv.zip(1.06MB)
----GiniClust_Main.R(4KB)
----Rfunction()
--------GiniClust_Clustering.R(9KB)
--------GiniClust_packages.R(3KB)
--------GiniClust_Preprocess.R(1KB)
--------DE_t_test.R(4KB)
--------GiniClust_tSNE.R(2KB)
--------GiniClust_parameters.R(4KB)
--------GiniClust_Fitting.R(10KB)
--------DE_MAST.R(10KB)
--------README.txt(874B)
--------GiniClust_Filtering.R(1KB)