文件名称：tiny
文件大小：3.11MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-19 11:11:02
R
脊椎动物中的微染色体保护 贡献者：Hardip Patel，Paul Waters，Arthur Georges，Jenny Graves 资料准备 使用preparegenomes.sh脚本可自动执行该过程。 基本步骤如下。 从相关来源（NCBI或DNAZoo）下载了基因组程序集。 检查metadata/species.txt以获取种类和下载路径的详细信息。 .2bit ， .capsule ， .sizes文件已创建。 基因组文件被分成较小的区域（每个文件1Mb的序列大小和〜5Mb的总序列），没有重叠。 此步骤允许尴尬地并行进行lastz对齐，以利用大型HPC设施。 使用全基因组全基因组比对 我们为LastZ对齐使用以下参数： K=2400 L=3000 Y=9400 H=2000 --ambiguous=iupac 分析中包括的物种清单 物种 种类代码 通用名 NCBI分类I
【文件预览】：
tiny-main
----README.md(6KB)
----utils()
--------asdfasdfa(1B)
--------dotplot.R(3KB)
--------chrgraph.R(4KB)
--------Rcode.R(4KB)
--------processasmreport.R(2KB)
--------karyoplot.R(3KB)
----preparegenomes.sh(1KB)
----processlastzout.sh(2KB)
----getMAF.sh(2KB)
----LICENSE(1KB)
----splitFasta.pl(5KB)
----fixlastz.pl(826B)
----preparelastzcmds.sh(1KB)
----metadata()
--------GCA_000241765.4_Chrysemys_picta_BioNano-3.0.4_assembly_report.txt(6.12MB)
--------GCF_011800845.1_UG_Zviv_1_assembly_report.txt(2.36MB)
--------dnazoo.scfinfo.txt(10KB)
--------chrmergedassemblyreport.txt(88KB)
--------GCF_000090745.1_AnoCar2.0_assembly_report.txt(671KB)
--------GCA_003400415.2_UTA_CroVir_3.0_assembly_report.txt(599KB)
--------GCA_015237465.1_rCheMyd1.pri_assembly_report.txt(12KB)
--------mergedassemblyreport.txt(7.72MB)
--------chrinfo.2.txt(95KB)
--------GCF_015220075.1_bFalRus1.pri_assembly_report.txt(16KB)
--------chrinfo.txt(88KB)
--------GCF_009819535.1_rLacAgi1.pri_assembly_report.txt(5KB)
--------GCA_900496995.3_bAquChr1.3_assembly_report.txt(13KB)
--------GCA_009769625.1_bCygOlo1.pri_assembly_report.txt(16KB)
--------chrnames.txt(27KB)
--------GCF_013100865.1_CAS_Tse_1.0_assembly_report.txt(14KB)
--------GCF_000002315.6_GRCg6a_assembly_report.txt(53KB)
--------GCA_013407035.1_ASM1340703v1_assembly_report.txt(5KB)
--------GCA_014706415.1_LU_Pmuni_1.1_assembly_report.txt(339KB)
--------Python_micro v macro interaction probabilities.png(24KB)
--------GCF_007399415.2_rGopEvg1_v1.p_assembly_report.txt(42KB)
--------GCA_009764565.2_rDerCor1.pri.v2_assembly_report.txt(6KB)
--------GCA_002798355.1_Ogye1.0_assembly_report.txt(163KB)
--------species_new.txt(17KB)
--------GCF_004115215.1_mOrnAna1.p.v1_assembly_report.txt(34KB)
--------GCF_009769535.1_rThaEle1.pri_assembly_report.txt(40KB)
--------species.txt(15KB)
--------GCF_004329235.1_PodMur_1.0_assembly_report.txt(222KB)
--------GCA_009733165.1_Nana_v5_assembly_report.txt(179KB)
--------GCF_003957555.1_bCalAnn1_v1.p_assembly_report.txt(18KB)
----figures()
--------test(1B)
----getmafcmd.sh(1KB)
----runcmd.sh(1KB)
----eparallelruncmd.sh(234B)