【文件属性】：
文件名称：denovoFilter:筛选候选网站的规则
文件大小：421KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-27 13:12:18
Python
denovo过滤器
筛选位点，以使特定于基因的从头富集分析不会被狡猾的基因/位点所污染。 进一步的特异性将通过对假定的“命中”基因中位点的下游实验验证来实现。
过滤基于特定于站点的链偏向和三个亲本alt指标的组合。 如果某个站点在链偏向筛选器或三个父母替代指标中的任何两个都不通过时失败，则该站点将失败。 设置这些规则是为了允许我们通过：
躲猫猫基因中的好位点
在一个父对象中镶嵌的网站
高度偶然的情况，在两个父母中都有很少的alt读数（通常在每个父母中都有1个alt读数）
拒绝位置：如果链偏向p值<1e> 1个位点，否则该位点特异性的亲本alt p值是多余的）
安装
克隆存储库并使用以下命令安装：
【文件预览】：
denovoFilter-master
----.travis.yml(1KB)
----data()
--------example_relationships.txt(46B)
--------example_candidates.txt(1009B)
----denovoFilter()
--------constants.py(1KB)
--------most_severe.py(3KB)
--------change_last_base_sites.py(2KB)
--------exclude_segdups.py(2KB)
--------data()
--------screen_candidates.py(3KB)
--------standardise.py(1KB)
--------allele_counts.py(5KB)
--------check_independence.py(4KB)
--------__init__.py(0B)
--------missing_indels.py(3KB)
--------preliminary_filtering.py(4KB)
--------site_deviations.py(5KB)
--------load_candidates.py(2KB)
--------filter_denovogear_sites.py(4KB)
--------missing_symbols.py(6KB)
--------min_depth.py(3KB)
----tests()
--------test_allele_counts.py(4KB)
--------test_exclude_segdups.py(2KB)
--------compare_dataframes.py(3KB)
--------test_change_last_base_sites.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_standardise.py(3KB)
--------test_most_severe.py(2KB)
--------test_filter_denovogear_sites.py(4KB)
--------test_min_depth.py(2KB)
--------test_missing_indels.py(4KB)
--------test_check_independence.py(4KB)
--------test_missing_symbols.py(4KB)
--------test_site_deviations.py(5KB)
--------test_preliminary_filtering.py(4KB)
----LICENSE(1KB)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(60B)
----README.md(6KB)
----scripts()
--------filter_de_novos.py(6KB)
--------get_validations.py(12KB)