文件名称:STARTapp:START应用程序:R Shiny Transcriptome分析资源工具
文件大小:29.27MB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-02-26 08:44:28
visualization bioinformatics rna-seq r shiny
启动应用 这是运行手稿中描述的应用程序的代码: 该应用程序托管在Shinyapps.io上,网址为: ://kcvi.shinyapps.io/START/ 要在您的计算机上本地运行此应用,请下载R或RStudio并运行以下命令一次以设置环境: install.packages(c("reshape2","ggplot2","ggthemes","gplots","ggvis","dplyr","tidyr","DT", "readr", "RColorBrewer","pheatmap","shinyBS","plotly","janito
【文件预览】:
STARTapp-master
----instructions()
--------explot_volcano.png(90KB)
--------ex_click_rdata.png(7KB)
--------terms.md(3KB)
--------explot_heatmap.png(13KB)
--------Instructions.html(796KB)
--------Instructions.md(7KB)
--------news.md(1KB)
--------exampleanalysisdata.png(24KB)
--------.gitignore(33B)
--------examplecounts.png(27KB)
--------landing.md(3KB)
--------explot_pca.png(14KB)
--------Instructions.pdf(173KB)
--------explot_boxplot.png(36KB)
--------Instructions.docx(391KB)
----fun-input-analyze-data.R(12KB)
----fun-heatmap.R(13KB)
----ui-tab-help.R(838B)
----fun-groupplots.R(4KB)
----fun-dotplot.R(5KB)
----www()
--------app.css(238B)
--------explot_volcano.png(90KB)
--------ex_click_rdata.png(7KB)
--------explot_heatmap.png(13KB)
--------exampleanalysisdata.png(24KB)
--------.gitignore(10B)
--------examplecounts.png(27KB)
--------explot_pca.png(14KB)
--------bootstrap.min.united.updated.css(120KB)
--------explot_boxplot.png(36KB)
----server-dotplot.R(4KB)
----ui-tab-news.R(1KB)
----ui.R(4KB)
----server-data.R(2KB)
----data()
--------examplecounts_short.csv(7KB)
--------testdata_noncounts.csv(19KB)
--------testdata_counts_onegroup.csv(92KB)
--------.Rapp.history(844B)
--------testdata_counts_prot.csv(28KB)
--------testdata_counts_onerep.csv(138KB)
--------testdata_analyzed_onecomparison.csv(76KB)
--------exampleanalysisres_short.csv(40KB)
--------mousecounts_example_analysis_results.RData(7.77MB)
--------mousecounts_example_analyzed.RData(2.24MB)
--------testdata_counts_prot_uploaded.RData(87KB)
--------mousecounts_example_analysis_results_old.RData(7.4MB)
--------mousecounts_example.RData(7.77MB)
--------.gitignore(29B)
--------mousecounts_example.csv(1.1MB)
--------mousecounts_example_analyzed.csv(6.98MB)
----ui-tab-samplegroupplots.R(3KB)
----tests.R(4KB)
----helpers.R(3KB)
----_config.yml(193B)
----ui-tab-inputdata.R(9KB)
----tests()
--------countdata_edgeR.R(678B)
----server-samplegroupplots.R(4KB)
----server-inputdata.R(11KB)
----fun-analyzecounts.R(4KB)
----ui-tab-terms.R(1KB)
----ui-tab-analysisres.R(5KB)
----server-filterdata.R(10KB)
----ui-tab-filterdata.R(6KB)
----ui-tab-heatmap.R(8KB)
----.gitignore(62B)
----server.R(2KB)
----fun-analysisres.R(13KB)
----ui-tab-landing.R(486B)
----save_example_data.R(2KB)
----google-analytics.js(389B)
----README.md(3KB)
----rsconnect()
--------shinyapps.io()
--------.gitignore(10B)
----index.md(4KB)
----server-heatmap.R(12KB)
----ui-tab-dotplot.R(4KB)
----LICENSE.txt(32KB)
----STARTapp.Rproj(205B)
----server-analysisres.R(5KB)