文件名称：topmed_singleton_clusters
文件大小：431KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-10 00:04:43
JupyterNotebook
使用指数混合模型为单身距离分布建模的代码，如所示 预处理 从输入VCF文件过滤和注释单例需要几个预处理步骤。 预处理脚本和说明位于process_data目录中。 分析 数据准备好后， scripts目录中的scripts将适合指数混合模型并运行下游分析，生成图等。
【文件预览】：
topmed_singleton_clusters-master
----process_data()
--------sort_add_clid.slurm(806B)
--------add_dist.py(2KB)
--------annotate_motifs.py(12KB)
--------merge_singletons.sh(931B)
--------dnms()
--------cluster_id.py(3KB)
--------sort_add_clid.py(4KB)
--------config.yaml(961B)
--------get_chr_singletons.1.py(4KB)
--------get_chr_singletons.slurm(1KB)
--------define_samples.R(6KB)
--------README.md(1022B)
--------env.yml(493B)
----scripts()
--------format_decode_dnms.R(1KB)
--------.ipynb_checkpoints()
--------7mer_rates.txt(763KB)
--------format_rates.R(672B)
--------clusters_by_region.R(19KB)
--------rate_vs_lambda_scatter.R(8KB)
--------spectra_plots.R(7KB)
--------simulated_distributions.R(4KB)
--------scratch.R(34KB)
--------analyze_clusters_dnms.R(13KB)
--------analyze_clusters.R(12KB)
--------cluster_functions.R(5KB)
----README.md(546B)
----rconfig.yaml(332B)
----.gitignore(110B)