【文件属性】：
文件名称：deepgoplus:带有GOPlus公理的DeepGO
文件大小：58KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-08 10:18:50
Python
DeepGOPlus：通过序列改进的蛋白质功能预测
DeepGOPlus是一种使用深度神经网络结合基于序列相似性的预测从蛋白质序列预测蛋白质功能的新方法。
该存储库包含用于构建和训练DeepGOPlus模型的脚本，以及用于评估模型性能的脚本。
依存关系
该代码是使用python 3.7开发和测试的。
要安装python依赖项，请运行： pip install -r requirements.txt
在系统上安装程序（diamond命令应该可用）
数据
在这里您可以找到用于训练和评估我们方法的数据。
data.tar.gz-运行predict.sh脚本所需的数据
data-cafa.tar.gz-CAFA3挑战数据集
data-2016.tar.gz-用于比较DeepGOPlus与GOLabeler和DeepText2GO的数据集
安装
pip install deepgoplus
【文件预览】：
deepgoplus-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(1KB)
----plot.py(3KB)
----params_table.py(1KB)
----results()
--------deepgoplus_cc.txt(78B)
--------deepgoplus_bp.txt(78B)
--------deepgoplus_mf.txt(78B)
----evaluate_deepgo.py(5KB)
----requirements.txt(763B)
----run_diamond.sh(61B)
----analyze_filters.py(593B)
----__init__.py(0B)
----evaluate_diamondblast.py(7KB)
----evaluate_filters.py(5KB)
----metadata()
--------last_release.json(107B)
----evaluate_naive.py(6KB)
----jobTrain(343B)
----evaluate_deepgoplus.py(9KB)
----new_evaluation.sh(850B)
----LICENSE(1KB)
----predict.sh(250B)
----find_alphas.py(7KB)
----aminoacids.py(1KB)
----utils.py(8KB)
----README.md(2KB)
----update.py(7KB)
----cafa3_data.py(5KB)
----pfam.py(2KB)
----uni2pandas.py(4KB)
----evaluate_interpros.py(2KB)
----update.sh(202B)
----data_stats.py(2KB)
----diamond_data.py(761B)
----deepgoplus()
--------__init__.py(0B)
--------aminoacids.py(1KB)
--------utils.py(8KB)
--------test.fa(383B)
--------main.py~(6KB)
--------main.py(8KB)
----deepgoplus.py(11KB)
----jobUpdate(301B)
----run_deepgoplus.sh(114B)
----alphas.py(7KB)
----ic_plot.py(623B)
----predict.py(7KB)
----deepgoplus_data.py(2KB)
----filters.py(5KB)
----docker()
--------Dockerfile(227B)
----evaluate_diamondscore.py(6KB)