【文件属性】：
文件名称：metagenomics_mpa3:gun弹枪的元基因组学流水线
文件大小：10KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-17 00:16:45
Shell
gun弹枪的元基因组学工作流程
工作正在进行中...
测试数据
此工作流程使用的测试数据由“微生物组领域的开发标准”作者提供（ ）研究数据（NCBI Bioproject ID PRJNA622674）可以在访问
运行管道的步骤
克隆github存储库并导航到目录
git clone https://github.com/nibscbioinformatics/metagenomics_mpa3.git
cd metagenomics_mpa3
通过运行以下命令创建conda环境以执行分析（NB环境必须命名为metaphlan3）
conda env create --name metaphlan3 --file=environment.yml
运行prepare_metaphlandb.sh脚本。 在下载并构建metaphlan参考数据库时，这将需要一些时间才能运行。
./prep
【文件预览】：
metagenomics_mpa3-main
----run_metaphlan.sh(2KB)
----adapters.fa(14KB)
----environment.yml(3KB)
----prepare_metaphlandb.sh(3KB)
----main_metagenomics.sh(3KB)
----run_seqtk.sh(1KB)
----README.md(2KB)
----run_bbduk.sh(1KB)