iMGMC:集成的小鼠肠道宏基因组目录库

时间:2024-06-19 04:54:15
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更新时间:2024-06-19 04:54:15

Shell

iMGMC - 集成的小鼠肠道宏基因组目录 描述 创建具有特殊功能的新小鼠肠道基因目录: 来自不同研究的更多样化的样本(12 个供应商,包括野生小鼠和各种肠道位置) 无聚类方法:多合一组装,跟踪每个 ORF 到 contigs 到 bin 通过使用重叠群进行注释,更高的分类分辨率和更高的准确性 通过连接到 bin 进行 16S rRNA 基因整合 从 871 个小鼠肠道宏基因组样本的样本组装中扩展了 20,927 个 MAG,代表 1,296 个物种 用于处理您自己的数据的和 有关详细信息,请参阅我们的论文。 集成的宏基因组目录使对小鼠肠道微生物组的新见解成为可能Till R. Lesker,Abilash C. Durairaj,埃里克。 JC Gálvez、Ilias Lagkouvardos、John F. Baines、Thomas Clavel、Alexander Scz


【文件预览】:
iMGMC-master
----images()
--------iMGMC-creation-pipeline.png(53KB)
--------logo-imngs.png(20KB)
--------tutorials.png(144KB)
--------pipeline.png(106KB)
--------logo.png(59KB)
--------Prevalence-Abundance-IMNGS.png(74KB)
--------sMAG-creation-pipeline.png(45KB)
--------Taxonomy_Barplots_TaxLevels.png(31KB)
----creation-cataloge-pipeline.md(5KB)
----sMAG-pipeline.md(3KB)
----linking()
--------map-unambignous-matrix.txt(3.81MB)
--------evaluation-tree.png(556KB)
--------forCor-Bins-TPMbyLibrary.txt(1.23MB)
--------blast-matrix.txt(3.8MB)
--------MetaData.csv(113KB)
--------reformat-blast-results.sh(750B)
--------make-bin-mapping-stats.sh(328B)
--------make-16S-mapping-stats.sh(324B)
--------make-splitmapping-stats.sh(1KB)
--------evaluation.md(5KB)
--------forCor-16S-unambignousMappedReadsbyLibrary.txt(956KB)
--------metaBin_16S_correlation_sq.R(2KB)
--------README.md(6KB)
--------workflow_management_16S_meta_int.R(6KB)
--------meta_16S_corr.R(2KB)
--------linking.png(48KB)
--------bash_file_workflow.sh(264B)
----MAG-pipeline.md(3KB)
----download.md(3KB)
----LICENSE(34KB)
----genecatalog-pipeline.md(7KB)
----IMNGS.md(2KB)
----PICRUSt()
--------iMGMC-MAGs16SrRNAlinks.tab(9KB)
--------iMGMC-16SrRNA-alignment.fasta(3.33MB)
--------iMGMC-CopyNr-16SrRNA.tab(5KB)
--------iMGMC-KO_traits.tab(5.44MB)
--------picrust-workflow-denovo.png(62KB)
--------iMGMC-PICRUSt.bash(2KB)
--------README.md(1KB)
--------picrust-workflow-default.png(58KB)
----tutorials()
--------images()
--------data()
--------map-to-MAGs-HeatmapR.md(5KB)
--------map-to-MAGs-Krona-plot.md(3KB)
--------map-to-Catalog-Ordination.md(5KB)
----evaluation()
--------README.md(4KB)
----README.md(7KB)
----scripts()
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--------makeTPMstats.sh(527B)
--------splitTPMtoKeggKO.sh(2KB)
--------make-KO-TPM-fromTPM.sh(780B)
--------mapReadByBBmap.sh(2KB)
--------splitTPMtoMGS.sh(530B)
--------makeTPMfromCovStats.sh(758B)
--------sumup-TPM-ContigID-BinID-files.sh(1018B)
--------sumup-TPM-for-TaxLevels-fromContigTPM.sh(3KB)
--------make-GeneID-ContigID-BinId-TPM-fromTPM.sh(990B)
--------sumup-TPM-KOsum-files.sh(701B)
--------splitTPMtoTaxonomy.sh(3KB)
--------translate-16S-to-MAGs.sh(1KB)
--------download.sh(1020B)
--------make-GeneID-TPM-fromCovStats.sh(617B)

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