文件名称：ToolDog:从bio.tools生成工具描述符
文件大小：614KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 09:52:34
Python
工具狗 ToolDog（工具说明发电机）的目的是从从工具的描述产生银河或CWL XML模板 。 快速入门指南 安装 要求 您需要在计算机上安装Docker才能执行ToolDog的代码分析步骤。 然后，您可以使用pip使用以下命令来安装ToolDog： pip3 install tooldog 它是如何工作的 ？ ToolDog支持从或本地文件（以JSON格式从下载）导入。 它可以为Galaxy和CWL工具生成XML，但也可以注释现有XML（到目前为止仅支持XML ...）。 usage: tooldog [-h] [-g/--galaxy] [-c/--cwl] [-f OUTFILE] biotool_entry 要从bio.tools导入，请指定带有其id的biotool_entry或通过以下格式指定版本： id/version ： tooldog --galaxy integ
【文件预览】：
ToolDog-master
----experiments()
--------protocol-06.06.2017.ipynb(8KB)
--------protocol-08.05.2017.ipynb(20KB)
--------protocol-01.06.2017.ipynb(6KB)
--------protocol-31.05.2017.ipynb(4KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----requirements-dev.txt(69B)
----doc()
--------source()
--------Makefile(7KB)
----.travis.yml(1KB)
----test()
--------MEMHDX.xml(2KB)
--------test_write_cwl.cwl(312B)
--------SARTools.xml(3KB)
--------SHAMAN.json.skip(4KB)
--------BMGE.cwl(1KB)
--------BMGE.json.skip(3KB)
--------AlienTrimmer.cwl(1013B)
--------test_unit_tooldog.py(24KB)
--------test_write_xml.xml(645B)
--------MEMHDX.json(4KB)
--------SARTools.cwl(2KB)
--------MacSyFinder2.cwl(2KB)
--------sequana_coverage.cwl(2KB)
--------MEMHDX.cwl(2KB)
--------integron_finder.json(4KB)
--------sequana_coverage.json(3KB)
--------MacSyFinder.json(6KB)
--------AlienTrimmer.xml(2KB)
--------test_endtoend_tooldog.py(5KB)
--------integron_finder.xml(2KB)
--------SHAMAN.xml(2KB)
--------AlienTrimmer.json.skip(3KB)
--------SHAMAN.cwl(2KB)
--------BMGE.xml(2KB)
--------MacSyFinder2.xml(2KB)
--------MacSyFinder1.cwl(2KB)
--------MacSyFinder1.xml(4KB)
--------SARTools.json.skip(5KB)
--------integron_finder.cwl(1KB)
--------sequana_coverage.xml(2KB)
----setup.py(1KB)
----README.md(3KB)
----tooldog()
--------biotool_model.py(14KB)
--------analyse()
--------main.py(17KB)
--------__init__.py(302B)
--------annotate()
--------tmp.py(60B)
--------version.py(78B)
----.gitignore(183B)