文件名称：maple:平行进化的变异分析
文件大小：71KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-27 23:03:44
Python
枫木：平行进化的变异分析 Maple是一条管道，用于分析高度并行的靶向进化实验中的突变丰富的下一代测序数据，特别关注牛津纳米Kong技术（ONT）数据。 它使用独特的分子标识符（UMI），易于使用和通用的多路分解以及一套分析和绘图功能，可提供共有序列生成。 分析主要由自定义python脚本执行，但是一些外部工具是集成的并且很关键： 此外，（非常复杂的）snakemake管道借鉴了许多概念和代码。 入门 Maple需要conda，可以按照以下进行安装。 Miniconda的重量更轻，可提供Maple所需的一切。 如果需要Basecalling ONT数据，则还需要GPU硬件和 。 为了适应在计算群集上的使用，唯一需要root特权的步骤是conda和cuda的安装，大多数群集上都应该已经安装了conda和cuda。 克隆存储库： git clone https://github.com/
【文件预览】：
maple-main
----.gitignore(2KB)
----README.md(3KB)
----LICENSE(1KB)
----example_working_directory()
--------config.yaml(10KB)
--------ref()
----requirements.txt(133B)
----Snakefile(16KB)
----rules()
--------report.smk(21KB)
--------utils()
--------clean.smk(5KB)
--------storage.smk(4KB)
--------install.smk(21KB)
--------pipeline.smk(19KB)
----env.yaml(718B)