文件名称：EAPhy:系统发育的外显子比对
文件大小：1.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 11:33:43
Python
为什么 系统发育的外显子比对 EAPhy由一组脚本共同组成，这些脚本共同处理外显子序列，使用现有的比对器，检查和过滤比对并最终生成常用系统发生推理程序所需的输入。 该管道的主要目的是提供一种灵活而严谨的工具来生成可靠的比对，并通过减少这样做的时间，促进多种树方法的应用并检查不同推理方法之间的（一致性）。 所有脚本都是用Python编写的，并且在整个开发过程中，许多功能都受益于作为BioPython发行版（http://biopython.org/wiki/Main_Page）的一部分开发的模块。 可以随意使用EAPhy或其任何相关脚本，但请感谢BioPython团队的出色工作以及即将出版的出版物中描述EAPhy的交流（Blom，2015年）。 我将继续更新EAPhy，后续版本（> V1.0）将具有其他功能-错误修复。 如果出现任何问题或您有任何建议/要求，请与我联系。 Mozes
【文件预览】：
EAPhy-master
----EAPhy_config.py(27KB)
----manual_v1_1.pdf(1.59MB)
----examples()
--------test_id_change_diplo.txt(243B)
--------test_indivs_diplo_list.txt(146B)
--------test_indivs_haplo_list.txt(346B)
--------diplotype()
--------test_id_change_haplo.txt(554B)
--------test_genes_list.txt(381B)
--------haplotype()
----README.md(1KB)
----scripts()
--------subsetIndivs.py(856B)
--------concat.py(5KB)
--------snp_selection.py(9KB)
--------runAlignment.py(411B)
--------check_frame_gaps.py(11KB)
--------final_align.py(6KB)
--------filt_align_stats.py(632B)
--------check_paralogs.py(3KB)