文件名称：RAD：强大而准确的反卷积
文件大小：89KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 01:45:42
rad matrix-factorization nmf deconvolution tumor-heterogeneity
稳健而准确的反卷积（RAD） 介绍 RAD是一种工具包，可将大量肿瘤样本分离。 给定一个非负的批量RNA表达矩阵B \in R_+^{mxn} ，其中每一行i是一个基因，每一列j是一个肿瘤样本，我们的目标是推断一个表达谱矩阵C \in R_+^{mxk} ，其中每列l是一个单元社区，以及一个分数矩阵F \in R_+^{kxn} ，使得： B ~= C F. 更具体地说，RAD解决了以下问题： min_{C, F} || B - C F ||_{Fr}^2, s.t. C_{il} >= 0, i=1,...,m, l=1,...,k, F_{lj} >= 0, l=1,...,k, j=1,...,n, \sum_{l=1}^{k} F_{lj} = 1,
【文件预览】：
RAD-master
----.gitignore(2KB)
----gen_sim_data.py(2KB)
----LICENSE(1KB)
----rad.py(14KB)
----utils.py(4KB)
----README.md(3KB)
----tutorial.ipynb(106KB)