文件名称：calculate_mutational_burden:一个轻量级的python脚本来计算突变负担
文件大小：889KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-17 07:10:16
Python
compute_mutational_burden 一个轻量级的python脚本，用于计算编码的突变负担。 运行calculate_mutational_burden calc_mutburden.py可以通过编辑wrapper.sh或直接从python运行。 请编辑wrapper.sh或运行以包含给定样本的以下详细信息 patient_id ：正在考虑的样本的个人ID snv_handle ：包含单核苷酸变体的MAF文件的路径 indel_handle ：包含插入或删除变体的MAF文件的路径 coverage_handle ：文本文件的路径，该文件仅包含所覆盖的体细胞基数 例子： python calc_mutburden.py -patient_id HCC1143 -snv /path/to/snvs.maf -indel /path/to/indels.maf -cover
【文件预览】：
calculate_mutational_burden-master
----mutburden.wdl(1KB)
----Dockerfile(268B)
----requirements.txt(29B)
----functions.py(5KB)
----__init__.py(0B)
----calc_mutburden.py(2KB)
----README.md(1KB)
----test_data()
--------HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.oxoG3.maf.annotated(737KB)
--------HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.indel.capture.maf.annotated(2.95MB)
--------HCC1143_TP_NT_HCC1143T_HCC1143N.somatic_mutation_covered_bases_capture.txt(9B)
----wrapper.sh(412B)