文件名称：vcfanno:用其他VCF注释一个VCF
文件大小：3.33MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 11:36:48
bioinformatics annotation genomics vcf Go
vcfanno 如果您使用vcfanno，请引用 概述 vcfanno允许您使用任意数量的VCF或BED文件中的任意数量的INFO字段快速注释您的VCF。 它使用一个简单的conf文件来允许用户指定源注释文件和字段，以及如何将它们添加到查询VCF的信息中。 对于VCF，值是使用特殊情况下ID和FILTER从INFO字段中按名称提取的，以从这些VCF列中提取。 对于BED，从（基于1的）列号中提取值。 对于BAM，当前支持depth（ count ），“ mapq”和“ seq”。 vcfanno是用编写的，它支持用lua编写的自定义用户脚本。 它可以使用普通笔记本电脑上的9个文件，每秒对8,000个以上的变体进行注释，并具有34个注释，而使用服务器上的12个进程，则可以每秒对超过30K的变体进行注释。 我们正在积极开发vcfanno并感谢您提供反馈和错误报告。 用法 在下载后（