【文件属性】:
文件名称:vcfanno:用其他VCF注释一个VCF
文件大小:3.33MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-13 17:50:08
bioinformatics annotation genomics vcf Go
vcfanno
如果您使用vcfanno,请引用
概述
vcfanno允许您使用任意数量的VCF或BED文件中的任意数量的INFO字段快速注释您的VCF。 它使用一个简单的conf文件来允许用户指定源注释文件和字段,以及如何将它们添加到查询VCF的信息中。
对于VCF,值是使用特殊情况下ID和FILTER从INFO字段中按名称提取的,以从这些VCF列中提取。
对于BED,从(基于1的)列号中提取值。
对于BAM,当前支持depth( count ),“ mapq”和“ seq”。
vcfanno是用编写的,它支持用lua编写的自定义用户脚本。 它可以使用普通笔记本电脑上的9个文件,每秒对8,000个以上的变体进行注释,并具有34个注释,而使用服务器上的12个进程,则可以每秒对超过30K的变体进行注释。
我们正在积极开发vcfanno并感谢您提供反馈和错误报告。
用法
在下载后(