文件名称：Cavity_Model
文件大小：45.25MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 10:36:00
Python
代码 run_pred.py包含用于进行ddG ML预测的管道。 run_pred_SLURM.sh包含推荐的SLURM脚本。 安装 （仅在Linux上使用Miniconda进行过测试）。 克隆存储库。 安装并激活提供的conda环境environment.yaml 。 在正确的目录中安装reduce。 我的解析器使用该程序向蛋白质中添加缺失的氢。 cd src/pdb_parser_scripts git clone cd reduce/ make ; make install ＃这可能会产生错误，但在此目录中提供reduce可执行文件 执行 将任何PDB文件下载到目录data/test/Predictions/raw 。 执行管道run_pred.py 。
【文件预览】：
Cavity_Model-master
----output()
--------cavity_models()
--------ds_models()
--------.DS_Store(6KB)
--------ddg_train_val.pkl(73.02MB)
--------Predictions()
----data()
--------pdb_frequencies.npz(4KB)
--------test()
----src()
--------run_pred.py(2KB)
--------visualization.py(14KB)
--------resenv_dataset.pkl(6.12MB)
--------run_pred_SLURM.sh(180B)
--------helpers.py(22KB)
--------pdb_parser_scripts()
--------cavity_model.py(24KB)
----environment.yaml(5KB)
----README.md(765B)