文件名称：cuclark:支持CUDA的GPU的元基因组分类器
文件大小：110KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 15:30:44
C++
克拉克 关于 CuCLARK是基于CLARK（ ）的支持CUDA的GPU的宏基因组分类器。 有关实现的详细信息和速度比较，请参见相应的论文《 。 本文使用了CuCLARK ，并已对其进行了更新（有关详细信息，请参阅CHANGELOG.md ）。 该程序有两个变体：CuCLARK和CuCLARK-1。 CuCLARK是为工作站设计的，该工作站可以提供足够的RAM以适合大型数据库（例如NCBI / RefSeq中的所有细菌基因组）和任意数量的启用CUDA的GPU。 CuCLARK-1使用的数据库要小得多，并且可以在具有4 GB RAM和具有至少1 GB内存的支持CUDA的GPU的计算机上运行。 要将CuCLARK用作元基因组分类器，建议为此使用提供的脚本，这些脚本将在“ metagnomic样本的分类”部分中进行详细介绍。 作者 Robin Kobus，德国JGU美因茨计算机科学研究
【文件预览】：
cuclark-master
----download_taxondata.sh(2KB)
----download_data_release.sh(4KB)
----README.md(20KB)
----CHANGELOG.md(661B)
----classify_metagenome.sh(6KB)
----LICENSE_GNU_GPL.txt(34KB)
----set_targets.sh(3KB)
----clean.sh(1KB)
----download_data_newest.sh(4KB)
----install.sh(1KB)
----make_metadata.sh(4KB)
----src()
--------file.cc(7KB)
--------analyser.hh(1KB)
--------dataType.hh(8KB)
--------file.hh(2KB)
--------parameters.hh(2KB)
--------getfilesToTaxNodes.cc(4KB)
--------CuCLARK_hh.hh(61KB)
--------hashTable_hh.hh(24KB)
--------getAccssnTaxID.cc(5KB)
--------kmersConversion.cc(3KB)
--------CuClarkDB.cu(42KB)
--------kmersConversion.hh(2KB)
--------main.cc(12KB)
--------HashTableStorage_hh.hh(22KB)
--------analyser.cc(3KB)
--------parameters_light_hh(2KB)
--------getTargetsDef.cc(2KB)
--------Makefile(2KB)
--------CuClarkDB.cuh(4KB)
----download_data.sh(4KB)
----README_CLARK.txt(51KB)
----resetCustomDB.sh(2KB)
----data()
--------README.md(645B)
----Makefile(407B)
----updateTaxonomy.sh(2KB)