文件名称：biol-4386-course-project-tvarovski:GitHub Classroom创建的biol-4386-course-project-tvarovski
文件大小：3.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-02 23:24:06
Shell
人类全基因组测序数据中的突变负荷评估 介绍 人们认为基因组突变是与癌症和衰老有关的主要促成因素之一。 这些遗传变化在生命周期中不断出现在体细胞内，并且可能是由内源性和外源性诱变因素引起的。 从谱系继承的变体中发现这种新出现的突变的能力是将潜在诱变因子与体细胞突变率变化联系起来的关键步骤。 在这个项目中，我想专注于复制一种发现这些从头突变的方法，这些突变可以通过对单细胞来源的克隆细胞群体中的DNA进行测序来在单个基因组中捕获。 链接并在下面描述的研究文章通过创建成纤维细胞衍生的克隆细胞谱系并将其WGS突变特征与供体的血样进行比较，研究了一种寻找在单个基因组（细胞）中产生新突变的可能策略。 由于皮肤和血液具有相同的胚胎起源，因此将这两个组织的基因组相互比较可以捕获在个体的整个生命过程中已获得的遗传变化，该遗传变化是在两种组织的发育差异后发生的（例如紫外线）损害）。 可以采用类似的方法来研究
【文件预览】：
biol-4386-course-project-tvarovski-main
----figures()
--------README.md(5KB)
----.github()
--------.keep(0B)
----references()
--------Research Article 2.pdf(1.73MB)
--------figureToReproduce.PNG(423KB)
--------Research Article 1.pdf(2.45MB)
--------README.md(5KB)
----output()
--------README.md(5KB)
----code()
--------README.md(5KB)
--------haplotypeSpark.sh(274B)
--------haplotype.sh(320B)
--------indexBamFile.sh(195B)
--------Mutect2GATK.sh(367B)
----input()
--------README.md(5KB)
----analysis()
--------README.md(5KB)
----README.md(16KB)