iHam:可视化基因家族进化史的小部件

【文件属性】：
文件名称：iHam:可视化基因家族进化史的小部件
文件大小：816KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-07 10:12:47
JavaScript 艾哈姆 iHam（“交互式HOG分析方法”）是基于的交互式javascript工具，用于可视化特定基因家族（HOG）的进化历史。 查看器由两个面板组成：一个物种树，允许用户选择一个节点来关注特定的生物分类范围；一个矩阵，根据其在物种（行）和直系同源组（列）中的成员来组织现有基因。 ）。 以树为导向的HOG矩阵表示法有助于：（i）描绘给定分类范围内的直系同源基团，（ii）识别物种树中的重复和丢失事件，（iii）评估重复和丢失对基因库的累积影响，并（iv）识别基因组组装，注释或拼写推理中的潜在错误（例如，如果损失集中在末端分支上-表明基因组不完整，或者HOG内的物种覆盖范围难以置信）。 用户可以用不同的方式自定义视图。 他们可以根据蛋白质长度或GC含量为基因着色。 可以掩盖低置信度的HOG。 无关的物种进化枝可能会崩溃。 iHam是可重用的Web小部件，可以轻松地嵌入到网站中，例如，它用于在

【文件预览】：
iHam-master
----.gitignore(160B)
----browser.js(41B)
----README.md(9KB)
----rollup.config.js(2KB)
----examples()
--------top-bar()
--------hbb.orthoxml(51KB)
--------simple()
--------easy_embedding()
--------speciestree.nwk(123KB)
--------top-bar-load()
----deps.txt(749B)
----index.scss(30B)
----package.json(1KB)
----src()
--------hog_state.js(3KB)
--------xcoords.js(1KB)
--------tooltips.js(6KB)
--------iHam.js(12KB)
--------scss()
--------features.js(5KB)
--------utils.js(763B)
----.babelrc(89B)
----build()
--------iHam.js(310KB)
--------iHam.css(722B)
----index.js(100B)
----yarn.lock(286KB)
----gulpfile.js(3KB)
----assets()
--------iHam_screenshot.png(118KB)
----package-lock.json(798KB)