文件名称：orca
文件大小：5.59MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-10 06:58:29
Python
逆戟鲸 该存储库包含Orca的代码，Orca是用于多尺度基因组结构预测的深度学习序列建模框架。 Orca可以仅使用基因组序列作为输入来预测从千碱基到全染色体规模的基因组相互作用。 这是Orca的主要存储库，包括用于应用Orca模型或训练新模型的代码。要在手稿中复制分析，请访问我们的手稿。也可以通过以下获得用于运行Orca核心功能的GPU支持的Web服务器： 。 我可以将Orca用于什么用途？ 预测任何基因组变体的基因组结构影响，包括几乎任何大小的大结构变体（最大输入大小256Mb，大于最大的人类染色体）。 从任何人类基因组序列预测基因组3D结构，这意味着您可以引入多个变异体，单倍型，完整的组装基因组，或您希望对其进行计算机Hi-C实验的任何序列。 通过执行虚拟遗传筛选分析基因组3D结构的序列依赖性。 Orca序列模型可以充当“计算机内基因组观测站”，允许设计和执行虚拟遗传筛选来探查基因组
【文件预览】：
orca-main
----misc()
--------process_expectation.py(2KB)
--------make_genome_memmap.py(730B)
----docs()
--------make.bat(799B)
--------Makefile(649B)
--------source()
----train()
--------train_h1esc_b.py(21KB)
--------train_h1esc_c.py(18KB)
--------train_h1esc_a.py(9KB)
--------train_hff_c.py(18KB)
--------train_hctnoc_a.py(7KB)
--------train_hff_a.py(9KB)
--------train_hff_b.py(21KB)
--------train_hctnoc_b.py(20KB)
--------README.md(2KB)
----orca_utils.py(39KB)
----orca_models.py(27KB)
----orca_predict.py(109KB)
----selene_utils2.py(43KB)
----LICENSE(11KB)
----orca_modules.py(67KB)
----README.md(13KB)
----colormaps.py(3KB)
----orca_env.yml(311B)