文件名称：SpiecEasi:生态联系的稀疏逆协方差估计和统计推断
文件大小：1.48MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 04:14:47
R
SpiecEasi 生态联系的稀疏逆协方差估计和统计推断 该软件包对于希望为各种组成数据推断图形模型的人很有用，尽管它主要用于微生物组相对丰度数据（由16S扩增子序列数据生成）。 它还包括一个用于[过度分散，零膨胀]多元相关计数数据的生成器。 请参阅发表的论文。 关于符号的一个小问题：我们将该方法称为“ SPIEC-EASI”，并为此包保留了“ SpiecEasi”。 目录 安装 开发工具 我假设所有辅助软件包都已安装-例如pulsar，large，MASS等。如果遇到意外错误，则可能需要下载并安装缺少的依赖项。 在交互式R会话中： library(devtools) install_github("zdk123/SpiecEasi") library(SpiecEasi) conda SpiecEasi也可以通过conda来源获得，并且应该始终与该存储库的主分支保持最新。 co
【文件预览】：
SpiecEasi-master
----.travis.yml(48B)
----README.Rmd(18KB)
----man()
--------synth_comm_from_counts.Rd(948B)
--------pval.sparccboot.Rd(413B)
--------symBeta.Rd(701B)
--------ebic.Rd(528B)
--------rmvnegbin.Rd(741B)
--------coat.Rd(1KB)
--------rmvpois.Rd(632B)
--------sparccboot.Rd(1KB)
--------shannon.Rd(353B)
--------alr.Rd(954B)
--------rmvnorm.Rd(812B)
--------sparseLowRankiCov.Rd(2KB)
--------neighborhood.net.Rd(735B)
--------prec2cov.Rd(461B)
--------norm_to_total.Rd(307B)
--------edge.diss.Rd(745B)
--------multi.spiec.easi.Rd(2KB)
--------as.data.frame.graph.Rd(395B)
--------get_comm_params.Rd(563B)
--------cov2prec.Rd(472B)
--------rzipois.Rd(486B)
--------AGP.Rd(520B)
--------SpiecEasi-package.Rd(621B)
--------graph2prec.Rd(948B)
--------sparcc.Rd(614B)
--------as.matrix.graph.Rd(379B)
--------clr.Rd(674B)
--------hmp2.Rd(518B)
--------cor2cov.Rd(535B)
--------sparseiCov.Rd(2KB)
--------rmvzipois.Rd(812B)
--------make_graph.Rd(634B)
--------stars.roc.Rd(792B)
--------norm_rdiric.Rd(379B)
--------qqdplot_comm.Rd(573B)
--------norm_pseudo.Rd(299B)
--------getOptInd.Rd(1KB)
--------spiec.easi.Rd(2KB)
--------fitdistr.Rd(583B)
--------adj2igraph.Rd(710B)
--------neff.Rd(521B)
--------pulsar.params.Rd(1KB)
--------rmvzinegbin.Rd(823B)
--------robustPCA.Rd(642B)
--------triu.Rd(573B)
----data()
--------amgut2.filt.phy.rda(120KB)
--------amgut1.filt.rda(34KB)
--------hmp2.rda(8KB)
----NAMESPACE(2KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(136B)
----inst()
--------extdata()
----src()
--------svthresh.cpp(845B)
--------Makevars(225B)
--------ADMM.cpp(7KB)
--------RcppExports.cpp(2KB)
--------matops.cpp(345B)
--------sqrtNewton.cpp(2KB)
----.Rbuildignore(131B)
----R()
--------RcppExports.R(476B)
--------spiec-easi-pkg.R(1KB)
--------community_graph.R(13KB)
--------plotNet.R(1KB)
--------SparseICov.R(7KB)
--------select.R(8KB)
--------normalization.R(4KB)
--------spiec-easi.R(14KB)
--------roc.R(4KB)
--------coat.R(6KB)
--------spaRcc.R(7KB)
--------SparseLowRankICov.R(11KB)
--------utilities.R(5KB)
--------fitdistr.R(10KB)
--------mvdistributions.R(8KB)
----DESCRIPTION(840B)
----README.md(18KB)