文件名称：bbd_comm_comp
文件大小：38KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-09 14:55:36
R
用于分析美国山毛榉树皮内生植物群落中真菌群落组成和多样性的回购协议（12/18/2020） 使用repo neonectria_barcoding_012220中的代码进行了生物信息学分析和ASV调用 此回购自ASV调用后进行，LULU后处理 大多数分析将在合并树级别的样本后使用数据（树的随机子集收集了多个树；合并了多个树的效果），但一些分析（例如，不同尺度下的社区组成变化分析）将使用数据插件级别的数据 从本地目录GARNAS_neonectria_barcoding_files_cat_03242020读取数据表，并将结果写入文件夹GARNAS_bbd_comm_comp_12182020 已经对社区组成进行了许多初步分析，并将其保存在GARNAS_neonectria_barcoding_files_cat_03242020 在大多数情况下，这些结果的脚本已复制到此文件夹，但保留用于写
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bbd_comm_comp-master
----sum_trees()
--------GAM_fits_NMDS.site_means_cov.tree_level_comm.r(73KB)
--------GAM_fits_NMDS.site_GDDclim_cov.tree_level_comm.r(10KB)
--------n_plugs_effects.r(7KB)
--------read_ASV_dat.LULU_tab.r(13KB)
--------GAM_fits_NMDS.tree_level_cov.tree_level_comm.r(42KB)
--------mantel_correlog.tree_sum.r(3KB)
----ecol()
--------read_ASV_dat.LULU_tab.r(8KB)
--------GAM_fits_NMDS.r(73KB)
----README.md(2KB)
----HMSC()
--------full_community_bin.VP.spatial_site.tree_v_site.inc_NeoFruit.r(21KB)
--------princomp_climate_tree_vars.r(6KB)
--------full_community_bin.VP.spatial_site.tree_v_site.r(21KB)