【文件属性】:
文件名称:z_pmf:使用加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟计算平均力 (PMF) 的潜力
文件大小:7KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-06-08 20:46:23
C++
该程序用于使用 Benoît Roux (Roux B. Comput Phys Comm. 1995;91:275–) 的工作中概述的加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟中计算平均力 (PMF) 的潜力282.)。
该程序尚未经过彻底测试!!!
该计划的当前限制包括:
仅可用于 GROMACS 模拟包中的数据。
仅可用于一维 PMF。
输入数据必须是来自 GROMACS 的 pullx.xvg 格式,尚未实现 pullf.xvg 的使用。
几个重要参数是硬编码的,包括温度和直方图范围。
此程序需要以下库:
Boost 库(特别是 boost 文件系统、boost 系统和 boost program_options)
该计划存在的主要原因是:
我需要彻底了解WHAM的实现。
Grossfield 的 wham 程序需要一个复杂的元数据文件。 该文件中的大部
【文件预览】:
z_pmf-master
----include()
--------z_constants.hpp(2KB)
--------z_string.hpp(2KB)
----src()
--------z_string.cpp(2KB)
--------main.cpp(6KB)
----.gitignore(84B)
----Makefile(770B)
----README.md(1KB)