z_pmf:使用加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟计算平均力 (PMF) 的潜力

时间:2021-06-08 20:46:23
【文件属性】:
文件名称:z_pmf:使用加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟计算平均力 (PMF) 的潜力
文件大小:7KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-06-08 20:46:23
C++ 该程序用于使用 Benoît Roux (Roux B. Comput Phys Comm. 1995;91:275–) 的工作中概述的加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟中计算平均力 (PMF) 的潜力282.)。 该程序尚未经过彻底测试!!! 该计划的当前限制包括: 仅可用于 GROMACS 模拟包中的数据。 仅可用于一维 PMF。 输入数据必须是来自 GROMACS 的 pullx.xvg 格式,尚未实现 pullf.xvg 的使用。 几个重要参数是硬编码的,包括温度和直方图范围。 此程序需要以下库: Boost 库(特别是 boost 文件系统、boost 系统和 boost program_options) 该计划存在的主要原因是: 我需要彻底了解WHAM的实现。 Grossfield 的 wham 程序需要一个复杂的元数据文件。 该文件中的大部
【文件预览】:
z_pmf-master
----include()
--------z_constants.hpp(2KB)
--------z_string.hpp(2KB)
----src()
--------z_string.cpp(2KB)
--------main.cpp(6KB)
----.gitignore(84B)
----Makefile(770B)
----README.md(1KB)

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