文件名称：snpstr-imputation:SNP STR插补手稿的分析和图形脚本
文件大小：20.16MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 05:50:50
JupyterNotebook
SNP-STR插补手稿的脚本和分析 beagle_phase_strs 在XSEDE群集计算环境上分阶段STR位点的脚本。 在genfiles_100.sh文件中，编辑染色体并输入VCF文件。 执行文件。 然后运行生成的pilot.sh文件，以使每个计算作业的阶段STR达到100。 filter_hipstr_calls 用于过滤XSEDE群集计算环境上的HipSTR调用的脚本。 hipstr_str_calling 在Amazon AWS上使用HipSTR调用STR的脚本。 ./launch_aws.sh "aws_access_key" "aws_secret_key" "chrosome" "[parts]" "volume size" "batch_size" "keyname" L1O_分析 用于在XSEDE集群计算环境上执行“一劳永逸”试验的脚本。 用法： sbatc
【文件预览】：
snpstr-imputation-master
----ssc-pca()
--------plot_pca.py(1KB)
--------pop.txt(2KB)
--------script.sh(1KB)
--------pca.pdf(46KB)
--------ref.samples.txt(2KB)
----L1O_Analysis()
--------test.corr.txt(147KB)
--------run_from_aws.sh(5KB)
--------ssc_parents_id.txt(9KB)
--------analyse_L1O.py(2KB)
--------runme_xsede.sh(2KB)
--------pedigree.fam(63KB)
--------find.corr.sh(570B)
--------beagle.08Jun17.d8b.jar(323KB)
--------rerunme_xsede.sh(1KB)
--------L1O.sh(3KB)
--------analyse_L1O_driver.sh(214B)
--------README.md(349B)
--------write_bases.py(606B)
--------launch_aws.sh(1KB)
--------concat.sh(511B)
----shapeit_phasing()
--------combine_haps.sh(791B)
--------famDetail.txt(65KB)
--------createFam.py(830B)
--------phase.sh(2KB)
----utils()
--------fix_phase_error_bash.txt(1KB)
--------snp_str_ld_calculator.py(18KB)
----notebooks()
--------params.sh(105B)
--------plot_r2_heatmap.py(2KB)
--------Figure2_SSCLD.ipynb(307KB)
--------Figure4_PathogenicLoci_ATN1.ipynb(404KB)
--------readme.sh(186B)
--------extract_haplotypes.sh(2KB)
--------Figure1_SSCCallset.ipynb(288KB)
--------vplot.py(3KB)
--------get_mend.py(1KB)
--------vcf_mend.sh(1KB)
--------pathogenic_loci_table.sh(544B)
--------Figure3_GWASPower.ipynb(438KB)
--------run_r2_heatmaps.sh(98B)
--------plot_haplotypes.py(5KB)
----README.md(1KB)
----filter_hipstr_calls()
--------get_sampstats.sh(332B)
--------get_locstats.sh(457B)
--------params.sh(733B)
--------add_filters.py(3KB)
--------run_filter_calls.sh(287B)
--------filter_calls.sh(497B)
--------set_locus_filters.sh(1KB)
--------vplot.py(5KB)
--------run_sampstats.sh(256B)
--------get_mend.py(1KB)
--------run_locstats.sh(257B)
--------vcf_mend.sh(1KB)
--------get_locstats.py(2KB)
--------readme.txt(429B)
--------run_set_locus_filters.sh(277B)
----beagle_phase_strs()
--------genfiles.sh(5KB)
--------beagle.r1399.jar(261KB)
--------pedigree.fam(63KB)
--------genfiles_write_compute.sh(7KB)
--------concat.sh(548B)
--------genfiles_100.sh(6KB)
--------fix_switch_error_gymrek_old.py(4KB)
----hipstr_str_calling()
--------run_from_aws.sh(10KB)
--------prepare_hipstr_cmd.py(1KB)
--------prepare_samtools_cmd.py(1KB)
--------bam()
--------launch_aws.sh(2KB)
--------famPhase1.txt(28KB)
--------famID.txt(30KB)
--------str_regions_bed()