文件名称：phigaro:Phigaro是可扩展的命令行工具，用于预测噬菌体和噬菌体
文件大小：3.18MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 05:13:28
bioinformatics genomics bioinformatics-pipeline biological-data-analysis bioinformatics-analysis
Phigaro v2.3.0 Phigaro是一个独立的命令行应用程序，能够使用原始基因组和元基因组程序集作为输入来检测前噬区域。 它还会生成动态注释的“ prophage基因组图”，并标记prohages中可能的转座子插入点。 它适用于从大型宏基因组数据集中挖掘Prohage区域。 更新追踪器 您可以通过找到有关更新和发行的信息 文档：安装和使用 请按照查找安装和使用信息。 方法概述 使用Prodigal从输入的FASTA文件中预测开放阅读框（即蛋白质）。 噬菌体基因用原核病毒直系同源基因组（pVOGs）谱图隐马尔可夫模型（HMM）注释，可以从单独下载。 每个重叠群表示为噬菌体和非噬菌体基因的序列。 考虑pVOG注释和GC含量，平滑窗口算法（三角形窗口函数）确定了噬菌体基因密度高的区域，因此确定了噬菌体区域和边界。 已知的问题 Phigaro已在Linux系统上经过测试。 对于MacO
【文件预览】：
phigaro-master
----.github()
--------workflows()
----version_tracker.md(888B)
----recover_pickle_files.py(277B)
----PKG-INFO(465B)
----prepare_and_publish_package.bat(646B)
----phigaro()
--------helper.py(6KB)
--------pvogs_taxonomy.pickle(48KB)
--------batch()
--------data.py(7KB)
--------_version.py(126B)
--------const.py(7KB)
--------__init__.py(0B)
--------cli()
--------finder()
--------to_html()
--------context.py(381B)
--------misc()
----tag_name(6B)
----Dockerfile(104B)
----scripts()
--------FileSaver.min.js(3KB)
----config_old.yml(266B)
----config.yml(437B)
----setup_version.py(2KB)
----mkdocs.yml(807B)
----environment.yml(121B)
----setup.cfg(108B)
----LICENSE.md(1KB)
----setup.py(1KB)
----README.md(2KB)
----dist()
--------phigaro-2.3.0.tar.gz(69KB)
--------phigaro-2.3.0-py2.py3-none-any.whl(75KB)
----test_data()
--------Bacillus_anthracis_str_ames.fna(5.05MB)
--------Bacillus_anthracis_str_ames.phg.html(280KB)
--------Bacillus_anthracis_str_ames.phg(1KB)
----test_data_gitaction()
--------test_short_seq.fasta(4.42MB)
--------latest_version.txt(73B)
----docs()
--------usage.md(4KB)
--------index.md(495B)
--------latex_sheet_basic.html(1KB)
--------latex_sheet_abs.html(1KB)
--------latex_sheet_without_gc.html(968B)
--------js()
--------publication.md(416B)
--------getting_started.md(5KB)
--------iframe_content.html(144KB)
--------css()
--------license.md(1KB)
----.gitignore(1KB)
----dna.png(11KB)
----Singularity(191B)