文件名称：pyhtslib:使用htslib从Python文件读取HTS
文件大小：154KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-08 22:46:04
Python
pyhtslib-从Python访问HTS文件 Python库pyhtslib是htslib的包装， 是一个C库，用于访问用于高通量排序（HTS）文件格式的文件。 pyhtslib的目的是通过易于使用且经过良好测试的Python界面提供htslib的I / O功能。 地位 对以下格式的读取访问权限有效： SAM / .bai顺序和索引（通过.bai文件的BAM，通过tabix索引的SAM） VCF / .csi顺序索引和索引（BCF通过.csi文件，VCF通过tabix索引） tabix-读取任意TSV文件 FAI-索引FASTA 什么东西少了： 写入文件[v0.6] CRAM支持[v0.5] 通过kseq.h库[v0.4]顺序执行FASTA和FASTQ v1.0路线图上的其他内容： 对Python 2的支持（许多Python生物信息学工具尚未迁移到Python 3）[v
【文件预览】：
pyhtslib-master
----.travis-scripts()
--------install-htslib.sh(484B)
----requirements.txt(184B)
----TODO.md(347B)
----.travis.yml(494B)
----pyhtslib()
--------faidx.py(4KB)
--------bam_internal.py(10KB)
--------tabix_internal.py(3KB)
--------hts_internal.py(6KB)
--------tabix.py(13KB)
--------__init__.py(419B)
--------bcf_internal.py(15KB)
--------bam.py(25KB)
--------faidx_internal.py(1KB)
--------load_dll.py(1KB)
--------bcf.py(40KB)
----LICENSE(2KB)
----README.md(1KB)
----tests()
--------test_faidx.py(2KB)
--------test_pyhtslib.py(433B)
--------test_bam_header.py(3KB)
--------test_bcf_header.py(7KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_bam_read.py(3KB)
--------bcf_fixtures.py(5KB)
--------bam_fixtures.py(5KB)
--------test_bcf_read.py(3KB)
--------files()
--------test_tabix.py(4KB)
----.gitignore(55B)