文件名称：cyvcf2:cython + htslib ==快速VCF和BCF处理
文件大小：413KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 19:36:14
bioinformatics genomics cython vcf htslib
cyvcf2 注意：cyvcf2版本<0> = 0.20.0需要htslib> = 1.10 cyvcf2的最新文档可以在这里找到： 如果您使用cyvcf2，请引用 VCF和BCF的快速python （2和3）解析，包括区域查询。 cyvcf2是围绕的cython包装器，用于快速解析（VCF）文件。 诸如variant.gt_ref_depths属性直接返回一个numpy数组，因此它们可以立即用于下游使用。 请注意，该数组由基础C数据支持，因此，一旦variant超出范围。 该数组将包含废话。 要保留副本，请使用： cpy = np.array(variant.gt_ref_depths)而不是仅使用arr = variant.gt_ref_depths 。 例子 以下示例显示了cyvcf2的大部分用法。 from cy
【文件预览】：
cyvcf2-master
----MANIFEST.in(244B)
----.travis.yml(2KB)
----.gitmodules(78B)
----docs()
--------Makefile(8KB)
--------source()
----.github()
--------workflows()
----ci()
--------linux-deps(727B)
--------test(278B)
--------osx-deps(233B)
----LICENSE(1KB)
----cyvcf2()
--------helpers.h(248B)
--------cli.py(5KB)
--------helpers.c(3KB)
--------tests()
--------__main__.py(326B)
--------__init__.py(157B)
--------cyvcf2.pyx(84KB)
--------cyvcf2.pxd(12KB)
--------relatedness.h(6KB)
----CHANGES.md(94B)
----setup.cfg(65B)
----requirements.txt(39B)
----setup.py(3KB)
----.gitignore(217B)
----htslib()
----README.md(4KB)
----scripts()
--------filter-pysam.py(358B)
--------filter-cyvcf2.py(176B)
--------compare.sh(1KB)
--------table.py(1KB)
--------filter-pyvcf.py(220B)
--------trio-denovo.py(514B)