【文件属性】：
文件名称：harmonyos2-LISI:计算局部逆辛普森指数(LISI)的方法
文件大小：32KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-07-01 14:35:22
系统开源
和声2
丽思
为了评估单细胞
RNA-seq
数据集中的细胞簇是否在某些分类变量（例如批次、技术、供体）中混合良好，我们提供了一种用于计算局部逆辛普森指数
(LISI)
的算法。
引文
在
Harmony
论文中详细了解我们如何使用
LISI
测量单细胞整合方法：
Korsunsky,
I.
等。
纳特。
方法
(2019)
或查看免费提供的预印本。
安装
使用
devtools
安装
lisi
R
包：
install.packages("devtools")
devtools::install_github("immunogenomics/lisi")
例子
我们可以使用以下输入计算每个单元格的
LISI：
一个由单元格（行）和坐标（PC
分数、tSNE
或
UMAP
维度等）组成的矩阵
带有分类变量的数据框（每个单元格一行）
这是一个使用
lisi
R
包提供的数据的小例子。
library(lisi)
head(X)
#>
X1
X2
#>
1
-5.043102
1.296301452
#>
2
-6.110305
-0.734483462
#>
3
-6.069576
0.
【文件预览】：
LISI-master
----man()
--------X.Rd(293B)
--------lisi.Rd(207B)
--------compute_lisi.Rd(2KB)
--------meta_data.Rd(328B)
--------compute_simpson_index.Rd(757B)
----.gitignore(72B)
----README.md(2KB)
----.Rbuildignore(74B)
----.github()
--------workflows()
----tests()
--------testthat.R(52B)
--------testthat()
----LICENSE(34KB)
----DESCRIPTION(649B)
----lisi.Rproj(343B)
----R()
--------RcppExports.R(778B)
--------lisi-package.R(136B)
--------data.R(301B)
--------utils.R(3KB)
----src()
--------.gitignore(15B)
--------Makevars(649B)
--------RcppExports.cpp(1KB)
--------Makevars.win(597B)
--------utils.cpp(2KB)
----data()
--------data.RData(6KB)
----NAMESPACE(147B)
----README.Rmd(2KB)