文件名称：harmonyos2-LISI:计算局部逆辛普森指数(LISI)的方法
文件大小：32KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-21 08:22:02
系统开源
和声2 丽思 为了评估单细胞 RNA-seq 数据集中的细胞簇是否在某些分类变量（例如批次、技术、供体）中混合良好，我们提供了一种用于计算局部逆辛普森指数 (LISI) 的算法。 引文 在 Harmony 论文中详细了解我们如何使用 LISI 测量单细胞整合方法： Korsunsky, I. 等。 纳特。 方法 (2019) 或查看免费提供的预印本。 安装 使用 devtools 安装 lisi R 包： install.packages("devtools") devtools::install_github("immunogenomics/lisi") 例子 我们可以使用以下输入计算每个单元格的 LISI： 一个由单元格（行）和坐标（PC 分数、tSNE 或 UMAP 维度等）组成的矩阵 带有分类变量的数据框（每个单元格一行） 这是一个使用 lisi R 包提供的数据的小例子。 library(lisi) head(X) #> X1 X2 #> 1 -5.043102 1.296301452 #> 2 -6.110305 -0.734483462 #> 3 -6.069576 0.
【文件预览】：
LISI-master
----man()
--------X.Rd(293B)
--------lisi.Rd(207B)
--------compute_lisi.Rd(2KB)
--------meta_data.Rd(328B)
--------compute_simpson_index.Rd(757B)
----.gitignore(72B)
----README.md(2KB)
----.Rbuildignore(74B)
----.github()
--------workflows()
----tests()
--------testthat.R(52B)
--------testthat()
----LICENSE(34KB)
----DESCRIPTION(649B)
----lisi.Rproj(343B)
----R()
--------RcppExports.R(778B)
--------lisi-package.R(136B)
--------data.R(301B)
--------utils.R(3KB)
----src()
--------.gitignore(15B)
--------Makevars(649B)
--------RcppExports.cpp(1KB)
--------Makevars.win(597B)
--------utils.cpp(2KB)
----data()
--------data.RData(6KB)
----NAMESPACE(147B)
----README.Rmd(2KB)