文件名称：pypreprocess:用于神经成像的预处理脚本
文件大小：6.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 12:39:25
Python
pypreprocess pypreprocess是用于预处理fMRI数据（运动校正，空间归一化，平滑等）的python脚本的集合。 它提供： 使用基于文本的简单配置文件运行处理管道的可能性，从而无需编程即可分析数据； 自动生成html报告，例如用于质量保证（例如空间注册检查），统计结果等； 在多核计算机上并行处理多个主题； 中间阶段的持久性：如果分析中断，缓存的中间文件将被重用以加快处理速度； 支持预编译的SPM（除了通常的matlab依赖的风味之外）。 pypreprocess依靠nipype的SPM接口（预编译的SPM和依赖于Matlab的SPM风格）。 它还具有纯Python（无C扩展，无编译代码，仅Python）模块和脚本，用于切片时间校正，运动校正，核心定位和平滑，而无需nipype或matlab。 它是在Linux环境中开发的，并已在Ubuntu 16和18中进
【文件预览】：
pypreprocess-master
----setup.py(4KB)
----.gitignore(150B)
----continuous_integration()
--------install.sh(3KB)
--------install_spm12.sh(2KB)
--------setup_spm.sh(164B)
--------install_spm.sh(1KB)
--------clean_output.sh(976B)
----Makefile(920B)
----.travis.yml(2KB)
----setup.cfg(441B)
----examples()
--------easy_start()
--------pure_python()
--------pipelining()
--------README.md(41B)
----scripts()
--------HCP_tfMRI_MOTOR_preproc.ini(5KB)
--------HCP.ini(5KB)
--------hcp_preproc_and_analysis.py(21KB)
--------abide_preproc.py(6KB)
----README.rst(11KB)
----.circleci()
--------config.yml(3KB)
----pypreprocess()
--------histograms.py(11KB)
--------time_diff.py(10KB)
--------external()
--------__init__.py(74B)
--------datasets.py(11KB)
--------reslice.py(6KB)
--------configure_spm.py(24KB)
--------fsl_to_nistats.py(9KB)
--------coreg.py(14KB)
--------affine_transformations.py(11KB)
--------realign.py(26KB)
--------reporting()
--------conf_parser.py(17KB)
--------tests()
--------openfmri.py(4KB)
--------purepython_preproc_utils.py(15KB)
--------nipype_preproc_fsl_utils.py(6KB)
--------io_utils.py(27KB)
--------slice_timing.py(17KB)
--------version.py(57B)
--------spm_loader()
--------cluster_level_analysis.py(6KB)
--------nipype_preproc_spm_utils.py(66KB)
--------kernel_smooth.py(11KB)
--------subject_data.py(18KB)
----pypreprocess.py(719B)
----spike()
--------glm_utils.py(10KB)
--------sprint.py(9KB)