文件名称：PACT:合并树的后验分析
文件大小：1.37MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 11:53:18
Mathematica
PACT程序从家谱树样本中计算出各种统计数据。 它旨在扩展已经存在的合并推理程序（例如Migrate，BEAST，IM和LAMARC）的功能。 PACT以NEWICK格式读取家谱，并对这些家谱执行各种操作。 PACT被设计为既可用于结构化谱系，也可用于根据时间间隔序列数据组装的谱系。 PACT的功能是高度模块化的，依赖于树操作操作和摘要统计信息的组合来产生有用的结果。 例如，操作tmrca返回整个树的TMRCA，但是当与修剪到标签结合时，它将返回具有指定标签的样本的TMRCA。 在另一个示例中，可以利用时间片和分集的组合来计算指定时间点的分集。 在UNIX系统上，可以使用以下命令进行编译： make PACT需要运行两个文件： in.param (parameter listing) in.trees (NEWICK trees) 可用参数可在parameters.txt中找到
【文件预览】：
PACT-master
----.gitignore(401B)
----tree.hh(85KB)
----rng.cpp(12KB)
----gpl.txt(34KB)
----rng.h(9KB)
----parameters.txt(4KB)
----series.h(2KB)
----io.h(2KB)
----coaltree.cpp(76KB)
----node.cpp(2KB)
----README.md(1KB)
----node.h(2KB)
----example()
--------in.param(182B)
--------out.tips(93KB)
--------in.trees(78KB)
--------out.stats(2KB)
--------out.rules(314KB)
--------analysis.nb(818KB)
--------out.skylines(166KB)
----io.cpp(40KB)
----series.cpp(3KB)
----makefile(674B)
----main.cpp(2KB)
----param.cpp(16KB)
----pact_manual.pdf(1MB)
----coaltree.h(10KB)
----param.h(4KB)