文件名称：植物脚本：整体植物中基因组的脚本分析
文件大小：6.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 18:01:34
Python
整体植物中基因组的脚本分析 此存储库包含一些代码示例，这些代码示例用于从您自己的脚本询问Ensembl Plants，以及掩蔽和注释植物基因组中的。 重复遮罩和注释 请参阅文件夹示例和文档。 如果您要重复注释，则必须首先： make install_repeats 食谱清单 这些是此存储库中的食谱，可通过grep -P“ ^ ## \ w \ d +”食谱/示例*获得： exampleAPI.pl:## A1) Load the Registry object with details of genomes available exampleAPI.pl:## A2) Check which analyses are available for a species exampleAPI.pl:## A3) Get soft masked sequences from Arabidop
【文件预览】：
plant-scripts-master
----repeats()
--------get_repeats_ensembl.sh(4KB)
--------README.md(5KB)
--------Red2Ensembl.py(17KB)
--------AnnotRedRepeats.py(29KB)
----Makefile(999B)
----.travis.yml(1KB)
----README.md(7KB)
----demo_test.t(879B)
----files()
--------R()
--------Arabidopsis_thaliana.fna.gz(5.39MB)
--------runtime_ram.png(57KB)
--------cpanfile(125B)
--------pythonlist(48B)
--------EnsemblPlants47.png(626KB)
----install_R_deps.R(415B)
----recipes()
--------exampleBiomart.R(3KB)
--------exampleCRAM.pl(3KB)
--------exampleREST.py(13KB)
--------exampleFTP.sh(6KB)
--------exampleREST.R(10KB)
--------exampleVEP.sh(3KB)
--------exampleAPI.pl(8KB)
--------exampleMySQL.sh(7KB)
--------exampleREST.pl(11KB)