文件名称：barrnap:细菌核糖体RNA预测因子
文件大小：11.28MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-19 13:28:33
annotations rna hmm-model hmmer rnammer
巴纳普 BAsic 快速核糖体 RNA 预测器 描述 Barrnap 预测核糖体 RNA 基因在基因组中的位置。 它支持细菌（5S、23S、16S）、古细菌（5S、5.8S、23S、16S）、后生动物线粒体（12S、16S）和真核生物（5S、5.8S、28S、18S）。 它以 FASTA DNA 序列为输入，写入 GFF3 作为输出。 它使用 HMMER 3.1 附带的新nhmmer工具以 RNA:DNA 样式进行 HMM 搜索。 支持多线程，随着 CPU 的增多，可以期待大致线性的加速。 安装 要求 （仅限核心模块） （HMMER 3.x 的一部分） conda 安装或 ： conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap 家酿 安装 (macOS) 或 (Linux)。 brew install brewsci/bio
【文件预览】：
barrnap-master
----.travis.yml(1KB)
----bin()
--------barrnap(9KB)
----binaries()
--------darwin()
--------linux()
----db()
--------bac.hmm(790KB)
--------mito.hmm(446KB)
--------euk.hmm(1014KB)
--------arc.hmm(820KB)
----LICENSE.Rfam(480B)
----LICENSE(34KB)
----LICENSE.SILVA(2KB)
----examples()
--------mitochondria.fna(16KB)
--------null.fna(0B)
--------small.fna(1.69MB)
--------archaea.fna(2.25MB)
--------bacteria.fna(4.49MB)
--------nohits.fna(647B)
--------protein.fna(222B)
--------fungus.fna(11.68MB)
--------empty.fna(7B)
----.gitignore(284B)
----Makefile(1KB)
----README.md(6KB)
----build()
--------build_HMMs.sh(2KB)
--------16S.mito.aln(12.15MB)
--------fix-SILVA.pl(2KB)
--------12S.mito.aln(7.08MB)