文件名称：taxoniq:分类单元信息查询-快速，离线查询NCBI分类和相关数据
文件大小：48KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-16 07:29:32
Python
Taxoniq：Taxon信息查询-NCBI分类法和相关数据的快速，离线查询 Taxoniq是和交叉引用该选定数据源的Python和命令行界面。 Taxoniq的功能包括： 预先计算的索引每月从NCBI， 和交叉引用数据库中更新 脱机操作：所有索引都与软件包捆绑在一起； 查询分类单元信息时，不会进行网络调用（另外，在给定分类单元或登录名的情况下，Taxoniq可以通过网络获取核苷酸或蛋白质序列-请参阅下面的检索序列） 一个具有JSON I / O，批处理和输入流功能的CLI，可简化外壳脚本的使用和流水线操作 一个稳定的，有据可查的，带有类型提示的Python API（支持Python 3.6及更高版本） 全面测试和持续集成 直观的界面以及有用的默认设置 紧凑性，可读性和可扩展性 Taxoniq软件包捆绑了的索引压缩副本，与每个分类群相关的核苷酸和蛋白质登录， 王国范围的距离数据库以
【文件预览】：
taxoniq-main
----MANIFEST.in(39B)
----.gitmodules(96B)
----docs()
--------conf.py(716B)
--------changelog.rst(56B)
--------index.rst(170B)
----LICENSE.WIKIPEDIA(22KB)
----taxoniq()
--------build.py(20KB)
--------const.py(77B)
--------cli.py(2KB)
--------util.py(844B)
--------__init__.py(11KB)
--------version.py(22B)
--------vendored()
--------tax_dump_readers.py(7KB)
----.github()
--------workflows()
----test()
--------test.py(4KB)
--------__init__.py(0B)
--------sample_wikipedia_extract.json(81B)
----LICENSE(1KB)
----db_packages()
--------ncbi_refseq_accession_lengths()
--------ncbi_refseq_accession_db()
--------ncbi_genbank_accession_lengths()
--------ncbi_taxon_db()
--------ncbi_genbank_accession_offsets()
--------ncbi_refseq_accession_offsets()
--------ncbi_genbank_accession_db()
----setup.cfg(62B)
----setup.py(3KB)
----.gitignore(505B)
----Changes.rst(852B)
----Makefile(2KB)
----release.mk(5KB)
----README.md(9KB)
----marisa-trie()
----LICENSE.NCBI(1KB)