文件名称：PHANOTATE:HAN
文件大小：194KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-07 23:44:06
annotation genomics phage annotate-phage-genomes C
介绍 PHANOTATE是注释噬菌体基因组的工具。 它使用的假设是噬菌体基因组中的非编码碱基是不利的，然后填充加权图以找到通过DNA的六个框架的最佳路径，其中开放阅读框是有益的路径，而缺口和重叠是不利的路径。 要安装PHANOTATE ， pip3 install phanotate 或者 git clone https://github.com/deprekate/PHANOTATE.git cd PHANOTATE python3 setup.py install 例子 在包含的样本数据上运行： ./phanotate.py tests/NC_001416.1.fasta 输出是预测的ORF，看起来应该像 125 187 + 191 736 + 741 2636 + 2633 2839 + 2836 443
【文件预览】：
PHANOTATE-master
----MANIFEST.in(145B)
----.gitmodules(85B)
----phanotate.py(3KB)
----Validation()
--------phanotate_v_nr_lens.json.gz(130B)
--------count_hits_per_orf.pl(2KB)
--------Phannotate Gene Length Statistics.ipynb(57KB)
--------lastal_counts.ipynb(82KB)
--------RunningSearches.md(4KB)
--------counts_type.tsv.gz(132B)
--------README.md(3KB)
--------phanotate_all_orf_positions.txt.gz(132B)
----CITATION.md(349B)
----tests()
--------phiX174.gbk(7KB)
--------NC_001416.1.fasta(48KB)
--------phiX174.fna(5KB)
--------NC_000866.1.fasta(167KB)
----include()
--------uthash.h(68KB)
--------LICENSE(1KB)
----LICENSE(34KB)
----src()
--------phanotate_connect.c(5KB)
----setup.cfg(661B)
----VERSION(6B)
----setup.py(1KB)
----.gitignore(794B)
----CHANGELOG.md(2KB)
----README.md(800B)
----phanotate_modules()
--------functions.py(18KB)
--------gc_frame_plot.py(2KB)
--------nodes.py(563B)
--------file_handling.py(7KB)
--------graphs.py(10KB)
--------orfs.py(6KB)
--------__init__.py(218B)
--------edges.py(2KB)
----.gitattributes(31B)