【文件属性】：
文件名称：crispy:计算 16S rRNA 焦磷酸测序数据集中的物种丰富度
文件大小：363KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-29 12:45:09
C++
脆皮
计算 16S rRNA 焦磷酸测序数据集中的物种丰富度
跑步
运行 CRiSPy
./crispy.sh <input_fasta_file> [k_value] [band_value]
k_value : kmer 距离计算的参数。 默认：6
band_value ：用于遗传距离计算的带状全局对齐参数。 默认情况下：10 即 1/10 带状对齐
要求
硬件： 计算能力2.0及以上的NVIDIA GPU卡
软件：
Linux 操作系统，最好是 Ubuntu
为代码编译安装的 CUDA 工具包
为代码编译安装 GCC
安装了 R changepoint包以执行代码的 R
编译
编译：
./compile.sh
为具有非 5.0 计算能力的 NVIDIA GPU 编译。 例如对于具有计算能力 2.0 的 Fermi 卡：
./compile.sh 20
执照
该项目
【文件预览】：
crispy-master
----crispy.sh(714B)
----src()
--------preprocess()
--------sparsecut()
--------aveclust()
--------genDist()
--------kmerDist()
----README.md(952B)
----crispy_changepoint.r(408B)
----data()
--------V2Mice_sample1000(392KB)
----.gitignore(126B)
----bin()
--------preprocess(35KB)
--------sparsecut(23KB)
--------aveclust(43KB)
--------genDist(679KB)
--------kmerDist(39KB)
----compile.sh(533B)