从 Gromacs TPR 文件中提取 PDB:从 Gromacs TPR 文件中提取结构数据并将其输出为 PDB 格式。-matlab开发

时间:2024-06-19 07:55:18
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文件名称:从 Gromacs TPR 文件中提取 PDB:从 Gromacs TPR 文件中提取结构数据并将其输出为 PDB 格式。-matlab开发

文件大小:4KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-06-19 07:55:18

matlab

%% TPR2PDB.m % % Gromacs 对于模拟全原子系统很有用,它启动了这些% 使用 TPR 文件进行模拟。 所有 TPR 文件都包含坐标数据% 启动模拟。 有时打开并检查它是有用的% 结构体。 该程序提取它并将其转换为 PDB 格式以供% 方便查看。 提取的信息是坐标、原子类型、 % 和部分费用。 部分费用存储在 beta-factor 列中% 的输出文件。 % % % - - - 要求 - - - % % GROMACS % 这个程序使用 Gromacs 命令“GMXdump”来创建一个文本% 文件。 这避免了 Gromacs 可能出现的任何问题% 更新和版本更改。 确保此命令有效% 小路。 % % gmxdump % 看上面。 启动这个文件的命令是% $> gmxdump -s [TPR 文件] > textForAnalysis.txt % 如果这不能正确完成,


【文件预览】:
TPR2PDB.zip

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