文件名称：CUDA-MEME:使用 GPU 计算的超快速可扩展主题发现算法-开源
文件大小：2.03MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-06-18 00:32:39
开源软件
mCUDA-MEME 是一种成熟的超快速可扩展模体发现算法，基于 MEME（4.4.0 版）算法，适用于多个 GPU，使用 CUDA、MPI 和 OpenMP 并行编程模型的混合组合。 该算法是 CUDA-MEME（基于 MEME 版本 3.5.4）在准确性和速度方面的进一步扩展，并已在具有 8 个计算节点和两个基于 Fermi 的 Tesla S2050（和基于 Tesla 的 Tesla S1070) 四 GPU 计算系统，运行带有 MPICH2 库的 Linux 操作系统。 实验结果表明，我们的算法在数据集大小和 GPU 数量方面都能很好地扩展。 目前支持OOPS和ZOOPS模型，足以满足大多数motif发现应用。 此外，该算法已被纳入 NVIDIA Tesla Bio Workbench 并部署在 NIH Biowulf 中。