文件名称：aws_batch_genomics_step_function
文件大小：42KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-11 02:19:42
Python
AWS上的基因组学研究 该项目演示了如何使用和在上运行大规模的基因组学二级分析管道。 您可以在我们的博客文章“ 了解有关如何将新的AWS Step Functions集成与AWS Batch一起使用的更多信息。 前提条件 部署管理员权限 部署 将构建和部署在AWS上运行二级分析管道所需的一切。 这包括： 使用您所在地区的ECS AMI，具有1TB暂存卷的自定义AMI （10分钟） Isaac，Strelka，Samtools-Stats和SnpEff作为ECR中的Docker映像（40分钟） AWS Batch队列，计算环境，作业定义和AWS Step Functions状态机（10分钟） 需要角色和存储桶。 $ setup.sh 用法 运行工作流程 部署完成后，将输出的工作流输入复制到终端窗口。 使用该输入在StepFunctions控制台中运行管道。 您还可以在batch-g
【文件预览】：
aws_batch_genomics_step_function-master
----.gitignore(165B)
----teardown.sh(1KB)
----LICENSE(11KB)
----tools()
--------common_utils()
--------__init__.py(0B)
--------template_cfn.yml(30KB)
--------strelka()
--------snpeff()
--------isaac()
--------samtools_stats()
----README.md(2KB)
----template_cfn.yml(1024B)
----update.sh(1KB)
----setup.sh(5KB)
----pipeline()
--------nested_templates()
--------template_cfn.yml(5KB)