文件名称：pyCircos:python马戏团
文件大小：50.23MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 06:54:59
Python
pyCircos Circos是用于可视化基因组相似性和特征的最著名的软件之一。 但是，执行需要如此复杂的过程和许多额外的输入文件。 该软件也是基于Perl编写的。 它限制了与其他用于生物学分析的软件的集成。 Python中描述了各种生物数据分析包。 但是，没有可以可视化Circos图的python软件包。 已经组织了用于描述基因组注释的文件格式，例如GenBank，GFF。 因此，如果可以将这些格式化的文件用作可视化的输入，则无需准备复杂的额外文件。 在这里，它提供了一个基于python matplotlib的圆形基因组可视化程序包PyCircos（化名）。 它使我们能够仅通过Genbank格式文件的输入来表示基因组特征。 此外，通过使用BLAST或LAST输入比较基因组分析结果，用户可以使用简单的python脚本轻松可视化多基因组基因座相似性。 依存关系 python 3.6.2以后
【文件预览】：
pyCircos-master
----.gitignore(46B)
----sample()
--------prokaryote1()
--------.DS_Store(10KB)
--------eukaryote1()
--------tutorial()
--------prokaryote2()
----pycircos.py(21KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(3KB)
----img()
--------example1.png(979KB)
--------example0.png(29KB)
--------test.png(20KB)
--------example2.png(917KB)
--------example3.png(121KB)
--------multi_locus.pdf(30KB)
--------example4.png(140KB)