文件名称：EDM设置：ExomeDepthMod
文件大小：7.79MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-13 22:51:03
Shell
**** 正在开发中 ***** 背景 是从外显子组测序数据中检测拷贝数变异（CNV）的最灵敏工具之一。 ExomeDepth是一个R包，在R / ExomeDepth中处理大型数据集是一个挑战。 为了解决此问题，EDM实现了ExomeDepth管道，并内置了两个主要更改。首先，EDM使用mosdepth计算外显子的覆盖率，并出于性能原因对算法进行近似选择参考面板。 EDM使用并行运行管道（计数读取和变量调用）。 步骤1：设定环境 EDM取决于包括R软件包在内的几种软件工具。 我们使用conda环境来管理依赖项。 您可以使用此处提供的edm_environment.yml文件创建具有所有依赖项的conda环境。 如果您想为您的环境使用其他名称，请编辑yml文件。 git clone https://github.com/drramki-chop/EDM.git conda env cre
【文件预览】：
EDM-setup-master
----input.yaml(686B)
----edm_conda_env.yml(377B)
----EDM_0.0.1.tar.gz(7.78MB)
----example.manifest.txt(1KB)
----README.md(8KB)
----submit.sh(144B)
----example.input.yaml(494B)