文件名称：falco:FastQC的C ++实现，用于序列数据的质量控制
文件大小：713KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 20:03:10
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Falco：FastQC替代代码 该程序是流行的软件的仿真，用于检查大型测序读物是否存在常见问题。 安装falco 通过conda安装 如果您使用管理软件包，并且conda二进制文件在您的路径中，则可以通过运行以下命令来安装最新版本的falco ： $ conda install -c bioconda falco falco可以在anaconda安装程序的bin目录中找到。 从源代码安装（代码发布） 通过从上面的部分下载falco发行版，可以完成从源代码进行的编译。 下载发行版（ .tar.gz或.zip格式）并将下载的文件扩展到目录（例如falco ）后，将文件扩展到目标目录（例如cd falco ）。 您应该在其中看到一个configure文件。 在此目录中运行 $ ./configure CXXFLAGS="-O3 -Wall" $ make all $ make inst
【文件预览】：
falco-master
----benchmark()
--------outs()
--------run_all_htqc_tests.sh(193B)
--------tests()
--------run_all_fastqc_tests.sh(296B)
--------run_all_fastp_tests.sh(569B)
--------download_files.sh(341B)
--------README.md(3KB)
--------run_all_falco_tests.sh(290B)
----example.fq(258KB)
----m4()
--------ax_cxx_check_lib.m4(4KB)
--------ax_cxx_compile_stdcxx_11.m4(2KB)
--------ax_cxx_compile_stdcxx.m4(19KB)
----Configuration()
--------adapter_list.txt(1KB)
--------contaminant_list.txt(13KB)
--------limits.txt(3KB)
----LICENSE(34KB)
----Makefile.am(1KB)
----src()
--------smithlab_utils.hpp(9KB)
--------FalcoConfig.cpp(38KB)
--------HtmlMaker.cpp(2KB)
--------falcodiff.cpp(9KB)
--------StreamReader.hpp(7KB)
--------Module.hpp(11KB)
--------FastqStats.cpp(4KB)
--------OptionParser.cpp(20KB)
--------aux.hpp(2KB)
--------FalcoConfig.hpp(6KB)
--------Makefile(1KB)
--------OptionParser.hpp(5KB)
--------smithlab_utils.cpp(7KB)
--------falco.cpp(19KB)
--------StreamReader.cpp(22KB)
--------Module.cpp(57KB)
--------HtmlMaker.hpp(1KB)
--------FastqStats.hpp(9KB)
----.gitignore(269B)
----Makefile(764B)
----README.md(7KB)
----configure.ac(2KB)