【文件属性】：
文件名称：Bacterial_Genome_Analysis_Toolbox
文件大小：32KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-05 07:13:36
Python
Bacterial_Genome_Analysis_Toolbox
该管道是专门为注释细菌全基因组序列（WGS）而编写的。 该管道处理细菌基因组分析所需的多种操作。 包含：
注释细菌WGS
构建细菌WGS数据集的全基因组
确定细菌WGS数据集（物种内和物种间）的核心和辅助基因座
产生核心基因串联比对
确定潜在的重组区域（最近和祖先）
从细菌基因组的保守区域鉴定SNP
整体工作流程
安装
在本地计算机上安装conda
制作工作目录
mkdir {Bacterial_Analysis}*
cd {Nacterial_Analysis}
*此名称可以根据您的项目进行更改
将存储库克隆到本地工作目录中
git clone git@github.com:rx32940/Bacterial_Genome_Assembly_Pipeline.git
为Snakemake创建conda env并
【文件预览】：
Bacterial_Genome_Analysis_Toolbox-main
----.snakemake()
--------log()
----workflow()
--------env()
--------scripts()
--------Snakefile(3KB)
--------rules()
----submit_sapelo2.sh(643B)
----config()
--------config.yaml(827B)
----README.md(3KB)
----dag.pdf(16KB)