SHOGUN:浅型ShOtGUN轮廓仪

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文件名称：SHOGUN:浅型ShOtGUN轮廓仪
文件大小：16.94MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 07:45:20
Python 浅shot弹枪测序 浅的seq管道可优化散弹枪数据的使用 浅口gun弹枪计算管道SHOGUN的示意图。 对于SHOGUN管道中的每个步骤，用户都必须提供预先格式化的SHOGUN数据库文件夹。 要在单个命令中运行此处显示的每个步骤，用户可以选择管道子命令。 否则，分析模块可以独立运行。 一种。 过滤器-使用BURST将输入质量控制的读数与污染数据库对齐，以过滤掉所有击中人类相关基因组内容的读数。 b。 align-将输入的污染过滤后的读数与参考数据库进行比对。 用户可以选择选择三个对齐工具BURST，Bowtie2或UTree之一或全部。 C。 Assign_taxonomy-给定SHOGUN对齐工具中的数据工件，输出生物观察矩阵 格式可分类，行是排名灵活的分类法，列是样本，条目是每个样本的每个给定分类法的计数。 对齐工具BURST具有两种运行模式：分类法和资本主义。 如果启用了资本