文件名称：CONTRA-开源
文件大小：885KB
文件格式：GZ
更新时间：2024-05-17 15:09:05
开源软件
针对目标重测序的拷贝数分析（CONTRA）是一种用于针对目标重测序数据（例如来自全外显子组捕获数据的拷贝数变异（CNV））进行检测的拷贝数变异工具。
【文件预览】：
CONTRA.v2.0.8
----README.txt(508B)
----contra.py(20KB)
----BEDTools.v2.11.2.tar.gz(839KB)
----bedtools_installation_guide.txt(109B)
----WGCNV-SINGLE()
--------README.txt(334B)
--------wgcnv.py(1KB)
--------wgcnv_withBAFplot.R(7KB)
--------wgcnv_noBAF.py(1KB)
--------hg19_chrlen.txt(859B)
--------mm9_chrlen.txt(265B)
----WGCNV-NDE()
--------README.txt(21B)
--------3_wgsummary.R(8KB)
--------hg19_chrlen.txt(882B)
--------1_renorm.py(2KB)
--------wgcnv_wrapper.py(4KB)
--------4_plot.R(5KB)
--------2_process.py(10KB)
----baseline.py(7KB)
----scripts()
--------average_count.pyc(5KB)
--------convert_gene_coordinate.pyc(5KB)
--------cn_analysis.v4.R(8KB)
--------assign_bin_number_v2.pyc(3KB)
--------target_breakdown.py(2KB)
--------average_count.py(5KB)
--------assign_bin_number_v2.py(4KB)
--------__init__.pyc(149B)
--------count_libsize.py(1KB)
--------large_region_cbs.R(5KB)
--------cn_apply_threshold.py(3KB)
--------get_chr_length.pyc(869B)
--------target_breakdown.pyc(1KB)
--------vcf_out.py(2KB)
--------convert_targeted_regions.pyc(1KB)
--------cn_apply_threshold.pyc(2KB)
--------vcf_out.pyc(2KB)
--------cn_analysis.v3.R(10KB)
--------__init__.py(0B)
--------convert_gene_coordinate.py(7KB)
--------split_chromosome.pyc(2KB)
--------count_libsize.pyc(633B)
--------get_chr_length.py(1KB)
--------convert_targeted_regions.py(2KB)
--------split_chromosome.py(3KB)
----NullDistEstimation()
--------README.txt(146B)
--------1_renormAll.py(4KB)
--------2_getExons.py(10KB)
--------3_density.R(4KB)
--------nde_wrapper.py(3KB)