【文件属性】：
文件名称：DGP：用于并行分子动力学模拟的粒子动态分组
文件大小：321KB
文件格式：PDF
更新时间：2021-06-29 20:08:09
学术 论文
DGP：用于平行分子动力学模拟的粒子动态分组
DGP：用于平行分子动力学模拟的粒子动态分组
日本札幌北海道大学
Yoshiaki
Takai
计算中心
060-0811
Hironori
Emaru
Hitachi
Ltd.，系统开发实验室，日本川崎
215
-0013
Tsuyoshi
Yamamoto
工程研究生院，日本札幌
060-8628
总结
分子动力学模拟
(MD)
在物理和化学中变得非常重要。
在本文中，我们提出了动态粒子分组（DGP），用于有效并行处理短程
MD。
DGP
基于对彼此注册距离内的粒子进行分组的循环过程。
这样的粒子组定义了一个并行任务，可以在配准步骤中独立处理。
我们已经在
SR2201（一个松散耦合的并行处理器）上实现了我们的方法。
实验结果表明，DGP
的速度是基于单元划分的传统方法的两倍。
:copyright:
2000
Scripta
Technica,
Syst
Comp
Jpn,
31(9):
10
17,
2000
关键词：分子动力学模拟；
记账方式；
粒子分组；
并行处理。
1.
引言
在先进的科学技术中，利用高性能并行计算机进行模拟一